人物生平
早年经历
司马睿于咸宁二年（276年）生于洛阳，祖父琅琊王司马伷是司马懿的庶子，魏帝曹芳正始年间，始受封为南安亭侯。嘉平元年（249年），司马懿发动高平陵政变，从而控制了曹魏政府的实权。之后，司马懿分别派诸子出任境内几个重要地区的都督。司马伷以宁朔将军之职坐镇邺城。邺城是曹操封魏时的都城，曹魏王公的聚居之地，素为屯兵屯粮的重镇。司马伷被委镇此地，反映了司马懿对他的重视。
西晋开国后，司马伷又历任尚书右仆射、抚军将军、镇东大将军、假节、都督徐州诸军事等职，初封东莞郡王，后改封琅邪王。平吴之役，司马伷率军出涂中，立有大功，遂进拜侍中、大将军、开府仪同三司、并督青州诸军事等职。司马睿父司马觐为司马伷长子，初拜冗从仆射，后袭爵琅邪王。平生碌碌，地位显赫。
太熙元年（290年），司马觐去世，年仅十五岁的司马睿依例袭琅邪王爵。同年四月，晋武帝司马炎去世。继立的司马衷鲁愚迟钝，无力驾驭政局。在动荡险恶的政治环境中，处于帝室疏族地位的司马睿无兵无权，为避杀身之祸，他采取恭俭退让的方针，尽量避免卷入斗争的旋涡。但在当时也获得名士嵇康之子、侍中嵇绍的高度评价。在洛阳，司马睿交结密切的朋友只有王导。王导，字茂弘，出身于北方头等士族的琅邪王氏，公认的名士领袖王衍是其族兄。王氏家园所在的琅邪国，是司马睿的封国。司马睿的琅邪国在西晋算是大国，并与司马越的东海国相邻。
留守下邳
永兴元年（304年）七月，“八王之乱”进入高潮。东海王司马越挟待晋惠帝司马衷亲征邺城。当时，坐镇邺城的将军是皇太弟成都王司马颖（前不久，司马颖击杀了执政的长沙王司马乂，强迫惠帝封他为皇位继承人）。在取得了都督中外诸军事、丞相等职务之后，司马颖将皇帝的乘舆服御尽数劫入老巢，并以邺城遥制洛阳。司马颖的横暴和专权，引起了另外一些实力派人物的不满。尚书令司马越乘机以惠帝的名义发布檄书，征召四方军队讨伐司马颖。时任左将军的司马睿奉命参加了讨邺战争，年二十九岁。两军在荡阴（今河南汤阴）展开激战。结果司马越兵败，遁回封国东海。惠帝及随军大臣被司马颖劫掠入邺，司马睿也在其中。不久司马睿的叔父东安王司马繇因得罪司马颖而遭杀害。司马睿害怕祸事殃及自己，潜逃出邺。在出奔洛阳的途中，他行至黄河岸边曾被津吏捕获，险遭不幸。司马睿到达洛阳，马上将家眷接出赴往琅邪（今山东胶南县）去了。
永兴二年（305年），东海王司马越起兵下邳，准备西迎惠帝时，起用琅邪王司马睿为平东（后迁安东）将军兼徐州诸军事，留守下邳，为他看管后方。司马睿受命后，请王衍从弟、参东海王越军事的王导为司马，委以重任。
移镇建业
永嘉元年（307年）九月，司马睿偕王导渡江至建邺。晋室政治中心，自此逐渐南移江东。永嘉南渡后，王导始终居机枢之地，王敦则总征讨于上游，王氏家族近属居内外之任，布列显要者人数甚多。以王导、王敦为代表所构成的王氏家族势力在当时是非常牢固的，这使“王与马共天下”的局面在江左维持了二十余年，直到庾氏家族兴起，抑制王氏并凌驾于王氏为止。
建兴四年（316年），刘曜长围长安，12月11日，晋愍帝无奈出降，西晋亡。
建兴五年（317年）4月6日，司马睿承制改元，即晋王位（尚未称帝），改元建武，东晋建立，史称东晋。他广辟掾属以为辅佐，有“百六掾”之称。农历六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段匹磾、刘翰等一百八十人上书劝进。
登基称帝
建武二年（318年）4年23日，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才于4月26日即皇位（“上尊号”），改元太兴。东晋据长江中下游以及淮河、珠江流域地区。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势力单薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。时人谓之“王与马，共天下”。
大权旁落
司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方，与人为善。司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。另外，王家在南朝时期出了八位皇后。
大权旁落引起司马睿极大的不满，他引用刘隗、刁协、戴渊等为心腹，试图压制王氏权势。
永昌元年（322年），素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城（即建康）。王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，杀戴渊等，刘隗投奔石勒。司马睿一败涂地，无奈之下，司马睿“脱戎衣，著朝服”对王敦说：“你如果想当皇帝，早和我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅邪王去。何苦让百姓跟着受苦呢？”司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。司马睿征讨王敦时，曾下令“有杀敦者，封五千户侯”，而王敦却把自己“封武昌郡公，邑万户”，无疑又将司马睿嘲弄了一番。司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。四月，王敦还师武昌，遥控朝政。此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。
忧愤去世
司马睿见无法动摇王导势力，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。
永昌元年闰十一月初十日（323年1月3日），晋元帝忧愤病逝。终年47岁，在位6年。谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵（江苏江宁）。遗诏由太子司马绍继位。
人物评价
司马邺：今左右丞相茂德齐圣，国之昵属，当恃二公，扫除鲸鲵，奉迎梓宫，克复中兴。
王导：琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。
曹毗：运屯百六，天罗解贯。元皇勃兴，网笼江汉。仰齐七政，俯平祸乱。化若风行，泽犹雨散。沦光更耀，金辉复焕。德冠千载，蔚有余粲。
魏收：司马睿之窜江表，窃魁帅之名，无君长之实，局天脊地，畏首畏尾，对之李雄，各一方小盗，其孙皓之不若矣。
虞世南：元帝自居藩邸，少有令闻，及建策南渡，兴亡继绝，委任宏茂，抚绥新旧，故能嗣晋配天，良有以也。然仁恕为怀，刚毅情少，是以王敦纵暴，几危社稷，蹙国舒祸，其周平之匹乎？
房玄龄：晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！
范浚：昔晋元帝启基江左，出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，刻日北征，至以漕饷稽期，珠督运令史，志非不速也；然终不能成尅复功者，惟无图功之谋而已。
赵构：若元帝，仅能保区区之江左，略无规取中原之心。
朱熹：晋元帝无意复中原，却托言粮运不继，诛督运令史淳于伯而还。行刑者以血拭柱，血为之逆流。天人幽显，不隔丝毫！
蔡东藩：元帝实一庸主，毫无远略，始则纵容王敦，使据长江上下游，继则信任刁协刘隗，疑忌王敦，激之使叛，而外无可恃之将，内无可倚之相，孤注一掷，坐致神京失守，受制贼臣，刁协死，刘隗遁，周顗戴渊，又复被戮，其不为敦所篡弑者，亦几希矣。
轶事典故编辑
主词条：牛继马后
曹魏时期，有一本流传很广的谶书叫《玄石图》，上面记有“牛继马后”的预言，司马懿又请星象家管辂占卜子孙运势，管辂占卜的结果与《玄石图》不差毫厘。司马懿不解何意。后来他位居太傅之职，权倾天下。他手下有个将领叫牛金的，为他出生入死，立下殊勋。司马懿忽有所触，想起“牛继马后”的预言，心里十分忌讳，怕牛金将来会对子孙不利，就派人请他赴宴，酒中下毒，牛金为人坦荡，没有提防之心，“饮之即毙”，就这样稀里糊涂地送了命。
司马懿自此以为，牛金已死，子孙便可高枕无忧坐享福贵了，殊不知世事难以预料。司马懿的孙子司马觐袭封琅琊王后，其妻夏侯氏被封为妃子。夏侯氏人很风流，没多久就与王府也叫牛金的一个小吏勾搭成奸，后生下了司马睿。
此即史书所言，司马睿并非皇族血脉，而是琅琊王府小吏牛金的儿子。只是因为有“牛继马后”的传言，导致了战将牛金被冤杀。后人遂戏谑地称司马睿为牛睿，比如明朝思想家李贽，就直称东晋为“南朝晋牛氏”，而不称司马氏。
“牛继马后”，即是指司马睿为牛氏之子，牛姓代司马氏继承帝位。历史文献有多记载，除了《晋书》 和《魏书》，《鹤林玉露》《容斋随笔》《宾退录》等书也有相关描述。
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