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第一季
联邦调查局特别探员史考莉被调入和另一特别探员穆德一同办理X档案。穆德因其妹萨蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，政府高层害怕真相的揭露而又不敢动作过大，于是希望借史考莉的科学观点把穆德拉回主流。结果是，史考莉也陷入其中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于X档案的调查被终结。
第二季
X档案被封存，穆德与史考莉分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史考莉帮忙。由于演员吉莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成斯卡琳被外星人绑架，消失了一集。当然，那时候吉莲·安德森去医院生产了。最终史考莉被秘密组织送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的超自然现象及外星人打转，结束于穆德因过分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥寻找证据，却被特种部队袭击生死不明。
第三季
沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。
第四季
到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四季仍是过去一贯的风格，但加入了许多穆德、史考莉的个人生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查变得更加坎坷而且扑朔迷离。另外一重大发展则是史考莉发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命绝望，因而举枪自杀。
第五季
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但这一季却出现了她的孩子——艾蜜莉。这一季的制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
第六季
电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫·杜楚尼自编自导了一集X档案。
第七季
穆德远途调查出了意外，在精神病院醒来有了预见的能力，还能读取他人的心理活动。史考莉在非洲海岸发现那里发现了刻有人类基因图的远古遗物及关于第六次物种大灭绝的记载。
癌人一直在进行外星混血儿的试验，注入病毒已检验是否成功，这个实验关系到世界末日时人类的生存问题，穆德的变异使他成为唯一的成功案例——但他“超能力”基因的表达只是暂时的。穆德最后在调查当地一起飞船坠毁事件时被赏金猎手乘飞碟抓走。史考莉最后发现怀孕了。
第八季
穆德失踪后，史考莉请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与一个新的“怀疑论”者——约翰·道格特的合作之旅。本季超级战士(一种新混血外星人)作为新殖民武器开始出现。穆德最终回来了，还找到了杀死超级战士的方法，但由于他知道的太多而不得不逃亡。
第九季
外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》(The Truth)里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道格特、史考莉、斯金纳、雷耶斯、斯班德、加布森等人用尽办法证明穆德的清白，但审判是不公正的，穆德将被执行死刑。道格特和斯金纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是穆德他们早一步逃出了监狱。接着穆德和史考莉两人一起开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。他们找到了给穆德提供线报的人，穆德告诉史考莉原来由于势力衰微无法组织有效进攻而企图暗中控制政府以逐步殖民的外星人由于计划屡屡受搓，将于2012年12月22日利用混入政府的超级战士进行孤注一掷的殖民入侵。
制作人 克里斯·卡特、格伦·摩甘、戴维·纳特、黄毅瑜、David Amann、罗伯·鲍曼、HarryV. Bring、BernadetteCaulfield、CharlesGrant Craig、JosephPatrick Finn、艾里克斯·甘萨、文斯·吉利甘、R.W.Goodwin、霍华德·高登、David Greenwalt、Ken Horton、金·曼纳斯、Michelle Maxwell MacLaren、Lori Jo Nemhauser、Denise Pleune
监制 Brian Q. Kelley、Michael Stern、Chris G. Willingham、Casey O. Rohrs、Scott J. Wallace、Regis Kimble、Michael Kewley、Christopher Cooke
导演 金·曼纳斯Kim Manners、罗伯·鲍曼Rob Bowman、戴维·纳特David Nutter、克里斯·卡特Chris Carter、Tony Wharmby、Michael W. Watkins、Daniel Sackheim、Michael Lange、吉姆·查尔斯顿Jim Charleston、Cliff Bole、William A. Graham、彼得·马寇Peter Markle、大卫·杜楚尼David Duchovny、Thomas J. Wright、罗德·哈迪Rod Hardy、Jerrold Freedman、Joe Napolitano、拉里·肖Larry Shaw、Tucker Gates、文斯·吉利甘Vince Gilligan
副导演（助理） Collin Leadlay 、Tom Braidwood、Vladimir Stefoff、Mark D. Currie、Matthew Blecha、Nina Jack、Barry K. Thomas、Julie Herrin、Xochi Blymyer 、Paul Rabwin 、Laura Nisbet 、Ryan Gordon、Craig West 、Rick Tunell、Bruce Carter 、Richard W. Abramitis、Brian Giddens、David Hallinan、Ian Woolf 、Christine Larson
编剧 克里斯·卡特、格伦·摩甘、黄毅瑜、David Amann、杰弗瑞·贝尔、文斯·吉利甘、霍华德·高登 、Chip Johannessen、Steven Maeda、Valerie Mayhew、Vivian Mayhew、蒂姆·麦奈尔、Kim Newton 、Thomas Schnauz 、John Shiban、弗兰克·斯伯特尼
摄影 Bill Roe、John S. Bartley、Joel Ransom、Jon Joffin、Ron Stannett、Heather MacDougall
配乐 马克·斯诺、Ken Tamplin
剪辑 Lynne Willingham、Stephen Mark、Jim Gross、Louise Innes、James Coblentz
选角导演 Rick Millikan 、Coreen Mayrs、Randy Stone、Lynne Carrow
艺术指导 Graeme Murray、Corey Kaplan
美术设计 Sandy Getzler、Graeme Murray、Phil Dagort、Lauren E. Polizzi、Greg Loewen、Gary Pembroke Allen、Michael Nemirsky、Vivian Nishi、Sheila Haley
服装设计 Christine Peters、Molly Harris Campbell、Enid Harris、Luellyn Harper、Larry S. Wells、Jenni Gullett
布景师 Timothy Stepeck、Shirley Inget、Hamish Purdy
大卫·杜楚尼 饰 福克斯·穆德德
简介 FBI探员。
吉莲·安德森 饰 黛娜·史考莉
简介 FBI探员。
罗伯特·帕特里克 饰 John Doggett
米彻·佩勒吉 饰 Walter Skinner
安娜贝丝·吉什 饰 莫妮卡·雷耶斯
简介 孤枪侠。
威廉·B·戴维斯 饰 米彻·佩勒吉
简介 FBI副局长。
Tom Braidwood 饰 Melvin Frohike
布鲁斯·哈伍德 饰 John Fitzgerald Byers
福克斯·穆德
演员 大卫·杜楚尼
穆德的妹妹萨曼莎在他12岁那一年离奇失踪，全家人用尽心力也无法找回。父母为了此事离婚，使穆德在青少年时就处于单亲家庭中。穆德童年时对太空计划很感兴趣，并将太空人马可斯·贝尔特上校视为崇拜对象，他整夜不睡只为观看他登陆月球。妹妹的失踪使穆德对神秘现象及犯罪事件产生了兴趣，他坚信妹妹是被外星人所绑架的。从牛津大学的心理系毕业以后穆德就来到联邦调查局调查恶性案件，因为工作中的突出表现他的前景一度非常光明。但却因过分的特立独行被调到位于地下的办公室调查关于超自然现象的“X档案”。调查局为了监视他的工作特意委派斯卡琳来和他一起调查。调查的过程中他受到了各种各样的阻挠，但他从没放弃过，凭着自己的信念执着地追求。穆德代表了人类理性而不拘泥固守、探寻求索未知渴求超越自身的优秀品质，在他身上充分诠释了身为人类的使命感与责任感。
黛娜·史考莉
演员 吉莲·安德森
史考莉毕业于马里兰大学，主修物理，同时具有法医的学位，因此毕业后进入FBI的学院当教员。她注重客观理性的分析，后来也逐渐接受超自然现象，坚信每个案件背后都有合理的科学解释。史考莉被FBI高层委派去监视“怪人”穆德的工作。但在合作中她却被被穆德的品格所感动，一些离奇的案件也给她的观念带来冲击，于是她不再为政府高层所左右，成为同穆德一起追寻真相的最可靠的朋友和搭档。史考莉同穆德一样固执，她跟穆德正好是两个“极端"，或许很多人觉得史考莉“食古不化”，教条主义过于现实，但换个角度来看，其实不是史考莉不想相信，而是人类还没有做好相信的准备。如果穆德代表着超前，那史考莉就是现状，现状虽固步但却是穆德坚实的后盾，穆德需要史考莉。
莫妮卡·雷耶斯
演员 伊娃·门德
莫妮卡·雷耶斯(Monica Reyes)是个正直坚强的女探员，被调入X档案部门后与道格特是搭档。于是她也加入了揭示真相的队伍。道格特的“狗人”外号就是她起的，最终她成为了道格特的伴侣。雷耶斯与史考莉成为密友，同穆德、斯金纳、孤枪手等也是难得的团结。
约翰·道格特
演员 ---
约翰·道格特(John Doggett)是一位无神论者，最初有些抵制超自然现象，直到他被各种灵异案件打蒙了。 他也有惨痛的经历——他的独生爱子不明不白的被人虐杀，并且导致了他的离婚。不过值得欣慰的是他的心结最终得以解开。在莫妮卡·雷耶斯出现前，道格特曾几乎爱上了史考莉，这还一度成为他愿意留在X档案办公室的原因。像当初史考莉一样，道格特最初也是被派来监视史考莉的(穆德当时一度失踪)，但也像史考莉一样，他更为迅速的成为了揭示真相的斗士之一。道格特性格忠实可靠，因而有个“狗人”的外号——他和穆德的性格标志：狗和狐狸，但他们最终却是朋友。
老烟鬼
演员 ---
老烟鬼(Smoker/Cancerman)代表着在隐秘之处操纵国家的那一小撮人(即“辛迪加”组织，或称“影子政府”)，许多改变历史的事情都与这群人有关(比如老烟鬼年轻时曾刺杀了肯尼迪总统)。他是穆德的主要对头之一，此人神秘莫测，有关他的一切信息几乎都是秘密(其真实身份剧中曾有揭晓)由于他手里永远夹着一支烟，所以代号为“老烟鬼”，而过多的吸烟使他得了肺癌，从此他又多了一个外号：“癌人”。老烟鬼老谋深算，为人阴毒，但他内心也藏有许多忧伤。他有着很强的个人魅力——但并不是让人与之成为朋友的那种魅力。他虽然足智多谋，却也因为过分自大和特立独行而给“辛迪加”组织带来过许多麻烦甚至危机。因此在“辛迪加”中人缘较差，差到曾有过性命之忧。 另外有一点不得不提，也是整个X档案史最避讳的一点、但却是不争的事实 ——既癌人曾与穆德的母亲有过一段感情——AgentSpander就是穆德同母异父的兄弟，这在第九季中提到。
沃尔特·斯金纳
演员 ----
身为前海军陆战队队员的调查局局长助理沃尔特·斯金纳(Walter Skinner)具有很强的责任感，有时对穆德没完没了的古怪调查会失去一些耐心。他出于个人强烈的正义感曾多次帮助穆德等人，甚至同他们出生入死，也因此他们的私交随着时间的推移越来越亲密。最初他曾经不止一次警告穆德和史考莉，称他们调查的范围已扩大到危险的程度。他也曾被迫关闭了X档案，但是后来在自己的职权范围以内又将其重开。
附：关于斯高莉的N个事实：
斯高莉有一个哥哥、一个弟弟，以及一个热衷精神力量的姐姐。父亲是一名海军军官，他生平最疼爱斯高莉。
一次圣诞假期和家人团聚时，斯高莉因帮助当地警方办案而意外地发现自己有个亲生女儿艾米莉，只是被当成实验品制造出来的艾米莉出生不久后便去世了。
斯高莉曾经受到星象的影响而几乎与穆德决裂，但最后两人还是和好如初。除了亲人以外，斯高莉惟一相信的人是穆德，除了曾经因为接受了电视中夹带的隐藏信息，而怀疑穆德也参与了政府阴谋。
她曾被穆德的仇家当做复仇的靶子，也曾受到巫术的迫害，还几乎为了不明生物而丧命。
在学院时，斯高莉曾与同月同日生的指导员杰克交往了一年，后来杰克因为被杀人犯附身而以斯高莉作为人质，最后不幸去世。
当一位皮肤具有随意肌的男子变成穆德的容貌和斯高莉交谈许久后，她在不知情的状况下差点与假穆德坠入情网……
关于穆德的N个事实：
穆德曾有几次被所信任者欺骗利用的经验：在暴力犯罪科的搭档杰瑞勒玛那为了升官而盗用他辛苦调查的报告；“深喉咙”为了不让穆德了解真相而给予假情报；穆德的父亲比尔与妹妹的失踪有关，这些因素使穆德对周围的人及事物持怀疑的态度，甚至连电脑的密码都设成“trust no 1”。
穆德惟一百分之百信任的人是斯高莉，除了曾因为饮水中被下药而怀疑她的意图。
穆德学会的第一个字是“J.F.K.”(肯尼迪)。
由于童年时的经历，他对火感到恐惧。
穆德高中时的第二外国语是法文。
穆德是一个红绿色盲，因此他躲过了录影带中隐藏信息的干扰。
穆德用慢跑来锻炼自己的身体，有时也会在家里打打篮球。
他最爱的食物是葵花子，对于成人录影带及杂志很有兴趣，偶尔也会偷偷跑去看限制级电影……
获奖纪录：16项艾美奖。
所获奖项：剧集类最佳编剧、最佳男配角、最佳化妆、最佳剧情类女主角、剧情类最佳混音、最佳艺术指导等。
