东方医院筹建于1986年，于1999年12月12日正式开业，是北京中医药大学第二临床医学院，国家中医药管理局直管单位，国家中医临床研究基地建设单位，是一所特色明显、功能齐全、设备先进，集医疗、教学、科研、预防和健康咨询为一体的三级甲等中医医院，是直属教育部管理、进入国家“211工程”建设的北京中医药大学所属附属医院，北京市医疗保险定点医院。2011年6月，北京中医药大学东方医院正式接收北京二七机车厂医院，命名为北京中医药大学东方医院西院区(二七院区)。2015年5月25日东方医院正式签约大兴南院区，命名为北京中医药大学东方医院南院区（经开区院区）。医院现为一院三区：即东方医院方庄院区、东方医院西院区(二七院区)、东方医院南院区（经开区院区）。总占地面积5.68万平方米，总建筑面积12.43万平方米。
东方医院重视发展中医，特色鲜明，优势明显，对医疗实行精细化常态化管理。加强门诊建设，改善医疗服务，门诊实现微信预约、自助机预约、复诊预约、现场预约等多种预约就诊功能；实现了微信自助机缴费功能，为患者提供了方便，提升就医体验。医院注重绿色通道建设，开通了心、脑血管绿色通道，加强院内急救能力建设，着眼于提高解决疑难、复杂疾病的能力。为广大患者提供了及时有效、安全便捷、周到热情、技术精湛的医疗服务。
医院设有临床、医技科室39个，采取以中医为主、中西医结合的诊疗模式。
东方医院现有国家卫健委临床重点专科中医建设项目6个，分别是脑病科、心血管科、妇科、肺病科、脾胃病科、护理学，同时是国家卫健委脑卒中筛查与防治基地。有国家中医药管理局重点专科项目14个，分别是脑病科、周围血管科、肾病科、心血管科、妇科、眼科、肺病科、脾胃病科、儿科、皮肤科、耳鼻喉科、肿瘤科、护理学、预防保健科(治未病中心)。是北京市卫健委第一批专科医联体的核心医院，牵头专业有脑病科、心血管科、呼吸热病科、妇科、儿科等5个。有北京市中医特色诊疗中心9个，分别是呼吸病中医特色诊疗中心、脑病中医特色诊疗中心、儿科中医特色诊疗中心、推拿科中医特色诊疗中心、肛肠科中医特色诊疗中心、耳鼻喉科中医特色诊疗中心、妇科中医特色诊疗中心、治未病中心、脾胃肝胆科中医特色诊疗中心；北京市中医药管理局重点专科5个，分别是针灸科、骨科、内分泌科、急诊科、临床药学；北京市中医药管理局“名中医身边工程”的牵头单位之一，组建名中医团队24个。拥有医师培训基地2个，分别是北京中医类别全科医生规范化培训基地、北京市中医住院医师规范化培训基地；另有北京市中医病案质控中心、北京市中医技术质控中心落户我院。
东方医院目前编制床位为1377张，其中：方庄院区开放编制800张(目前实际开放736张)；西院区编制床位375张；南院区编制床位202张，将逐步开放。医院现有高级专业技术人员305名；博士生导师31名、硕士生导师89名；享受政府特殊津贴专家4名；首都国医名师4名；国家中医药专家学术经验继承工作指导老师9名；北京市老中医药专家学术经验继承工作指导老师9名。
截止至2019年，医院建有现代化手术室、急诊EICU、内窥镜中心、肿瘤治疗中心、核医学科以及功能康复等设施，并拥有先进的诊断手段，配备如CT、核磁、DSA、彩超等大型医疗设备。
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