耿恭的父亲耿广很早便已去世，耿恭年少时就成为了孤儿。耿恭为人慷慨多谋略，有将帅的才能。
永平十七年（74年）十一月，骑都尉刘张出兵攻打车师，请耿恭担任司马，和奉车都尉窦固以及耿恭堂弟驸马都尉耿秉打败并使车师投降。东汉朝廷开始在西域设置西域都护、戊己校尉，于是任命耿恭为戊己校尉。屯兵后王部金蒲城（今新疆奇台西北），任命谒者关宠也为戊己校尉，屯守前王柳中城（今新疆艾丁湖东北），每个驻屯地各设几百人。耿恭到达任所，送文书到乌孙国，显示东汉朝廷的威望恩德，乌孙国王以下的人都非常高兴，派使者向东汉朝廷进贡名马，并献上汉宣帝时赐给公主的赌具，希望派乌孙王子入朝侍奉。耿恭于是派使者赠送金子、织物，迎接乌孙王子入朝侍奉。
永平十八年（75年）三月，北匈奴单于派左鹿蠡王率领两万骑兵攻打车师。耿恭派司马领兵三百人前往援救车师，途中遭遇北匈奴大军，因寡不敌众，全军覆没。于是北匈奴打败并杀死车师后王安得，继而攻打金蒲城。由于城中兵少，形势危急，耿恭便亲自登城与北匈奴人交战。耿恭把毒药涂在箭上，传话给北匈奴人说：“这是汉朝神箭，中箭者必出怪事。”于是用硬弓射箭。中箭的北匈奴人，看到伤口处血水沸涌，大为惊慌。当时正好出现狂风暴雨，耿恭军乘雨攻打北匈奴，杀伤众多北匈奴人。北匈奴人十分震恐，相互说道：“汉军有神力，真可怕啊！”于是解围撤退。
永平十八年五月（《资治通鉴》作六月），耿恭因疏勒城边有溪流可以固守，便率军占据该城。七月，北匈奴再次前来进攻耿恭，耿恭招募先锋几千人直奔北匈奴，北匈奴骑兵逃散，在城下堵绝溪流。耿恭在城中掘井十五丈，仍不出水。官兵焦渴困乏，甚至挤榨马粪汁来饮用。耿恭亲自带领士兵挖井运土，不久，泉水涌出，众人齐呼万岁。耿恭便命官兵在城上泼水给北匈奴人看。北匈奴人感到意外，以为有神明在帮助汉军，于是领兵撤退。
主词条：十三将士归玉门
永平十八年（75年）六月，西域的焉耆和龟兹两国攻打西域都护陈睦，陈睦全军覆没。北匈奴的军队则在柳中城包围关宠。
永平十八年八月，汉明帝去世，朝廷正是大丧之机，没有派出救兵。于是车师再度反叛，和北匈奴一道进攻耿恭。耿恭激励士兵进行抵抗。车师后王夫人的祖先是汉人，经常暗中把敌情告诉耿恭，又供给他粮食军饷。几个月后，汉军粮食耗尽，便用水煮铠甲弓弩，吃上面的兽筋皮革。耿恭和士兵以诚相待，同生共死，所以众人全无二心，但死者日渐增多，只剩下了数十人。北匈奴单于知道耿恭已身陷绝境，定要让他投降，便派使者去招降耿恭说：“你如果投降，单于就封你做白屋王，给你女子为妻。”耿恭引诱使者登城，亲手将他杀死，在城头用火炙烤北匈奴使者尸体。北匈奴单于大为愤怒，又增派援兵围困耿恭，但仍不能攻破城池。当时，关宠上书朝廷请求救援，汉章帝采纳司徒鲍昱的建议，派征西将军耿秉屯守酒泉，派酒泉太守秦彭（一作段彭）、谒者王蒙、皇甫援征发张掖、酒泉、敦煌三郡以及鄯善部队，共七千多人，前往救援。
建初元年（76年）正月，秦彭等人率军在柳中集结，进击车师，攻打交河城，斩杀三千八百人，俘虏三千余人。北匈奴惊慌而逃，车师再度投降东汉。
这时，关宠已经去世，王蒙等人打算引兵东归。耿恭的一位军吏范羌当时正在王蒙军中，他坚持要求去援救耿恭。将领们不敢前往，便分出两千救兵交给范羌。范羌经由山北之路去接耿恭，途中曾遇到一丈多深的积雪。援军精疲力尽，仅能勉强到达。耿恭等人夜间在城中听到兵马之声，以为北匈奴来了援军，大为震惊。范羌从远处喊道：“我是范羌。朝廷派部队迎接校尉了！”城中的人齐呼万岁。于是打开城门，众人互相拥抱，痛哭流涕。次日，他们便同救兵一道返回。北匈奴派兵追击，汉军边战边走。官兵饥饿已久，从疏勒城出发时，还有二十六人，沿途不断死亡，到三月抵达玉门时，只剩下了十三人。这十三人衣衫褴褛，鞋履洞穿，面容憔悴，形销骨立。中郎将郑众为耿恭及其部下安排洗浴，更换衣帽。并上书朝廷说：“耿恭以微弱的兵力固守孤城，抵抗匈奴数万大军，经年累月，耗尽了全部心力，凿山打井，煮食弓弩，先后杀伤敌人数以千计，忠勇俱全，没有使汉朝蒙羞。应当赐给他荣耀的官爵，以激励将帅。”耿恭到达洛阳后，鲍昱上奏称耿恭的节操超过苏武，应当封爵受赏。于是任命耿恭为骑都尉，任命耿恭的司马石修为洛阳市丞，张封为雍营司马，军吏范羌为共县丞，剩下九人都授予羽林之职。耿恭母亲在此之前就已去世，等耿恭回来，补行丧礼，汉章帝下诏派五宫中郎将馈赠牛和酒解除丧服。
建初二年（77年），耿恭升任长水校尉。同年八月，金城和陇西的羌人反叛。耿恭上书谈论对付羌人的策略，汉章帝召耿恭进宫询问详情。汉章帝于是派代理车骑将军马防和耿恭率领北军的越骑、屯骑、步兵、长水、射声等五校兵以及各郡的弓弩射手，共三万人，讨伐羌人。耿恭屯守枹罕，屡次和羌人交战。
建初三年（78年）秋天（《资治通鉴》作正月），马防进攻羌人烧当部落首领布桥，布桥大败，率领部众一万余人投降。汉章帝下诏，命令马防回朝。耿恭留下来攻打各处没有投降的羌人部落，斩杀、俘虏一千多人。于是，羌人勒姐部落、烧何部落等十三个部落共数万羌人，全部向耿恭投降。耿恭曾因上书奏事冒犯过马防，监军谒者便秉承马防的意思，弹劾耿恭不留意军事，接受诏书时心怀不满。耿恭因此获罪而被召回朝廷，逮捕入狱，并罢免其官职遣送原籍，耿恭最终老死家中。
郑众：“恭之节义，古今未有。”
鲍昱：“恭节过苏武”
范晔《后汉书》：①“慷慨多大略，有将帅才。”；②“后览耿恭疏勒之事，喟然不觉涕之无从。”
杜牧：“周有齐太公，秦有王翦，两汉有韩信、赵充国、耿恭、虞诩、段颎，魏有司马懿，吴有周瑜，蜀有诸葛武侯，晋有羊祜、杜公元凯，梁有韦睿，元魏有崔浩，周有韦孝宽，隋有杨素，国朝有李靖、李勣、裴行俭、郭元振。如此人者，当此一时，其所出计画，皆考古校今，奇秘长远，策先定於内，功后成於外。”
《十七史百将传》：“孙子曰：‘兵以诈立。’恭以毒药傅矢，而谓汉家箭神。又曰：‘出其不意。’恭扬水以示虏而围解是也。”
黄道周《广名将传》：“恭为司马，破降车师。初置校尉，以恭为之。示汉威德，降及昆弥。匈奴争国，攻城甚危。毒箭射中，以为神奇。既解复至，据水绝资。笮粪解渴，死亡莫辞。耿恭拜天，清泉忽滋。扬水示敌，敌方解围。招降不降，杀使陈尸。怒而围城，食尽煮皮。范姜力救，方得迎归。归受一命，忤人复追。忠烈苦节，真不可为。”
永平十八年（75年），北匈奴在疏勒城（今新疆昌吉回族自治州奇台县城南64公里处的半截沟镇麻沟梁村）攻打耿恭，并堵绝汉军的水源。耿恭在城中掘井十五丈，仍然没有出水。官兵焦渴困乏，甚至挤榨马粪汁来饮用。耿恭仰头叹息说：“听说从前贰师将军李广利拔佩刀刺山，飞泉从山中喷出；如今汉室恩德神圣，怎么可能走投无路呢？”于是整理衣服向井拜了两拜，替将士祈祷。过了一会儿，水柱喷出，众人齐呼万岁。耿恭命人在城上泼水给北匈奴人看。北匈奴人感到意外，以为有神明在帮助汉军，于是领兵撤退。象棋的“耿恭拜井”，即来源于此。
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