医院始建于1954年，是陕西省三级甲等妇幼保健院，陕西中医药大学附属医院，陕西中医药大学研究生培养基地，全国地市级妇幼保健机构30强、全国儿童早期发展示范基地、全国出生缺陷防治人才培训项目协同单位、全国综合医院中医药工作示范单位、国家级母婴安全优质服务单位。医院先后荣获全国卫生系统先进集体、全国百家优秀爱婴医院、全国文明单位、全国“三八”红旗集体、全国“五一”巾帼标兵岗等称号。
医院下设妇产医院、儿童医院、代家湾分院，卧龙寺、金陵、石油社区卫生服务中心（站）和门诊部“三院三社区一门诊”，占地面积38亩，编制床位718张，设置临床、医技、保健及职能科室59个，年门诊量80万人次，出院孕产妇和病人3.5万余例。
近年来，医院坚持“创专业品牌、建专科医院、育专门人才、拓专项服务”的“四专”发展战略，先后建立“16个专业中心”“14个技术基地”“8个特色俱乐部”“2个健康教育学校”，建成国家临床重点专科1个、国家孕产期保健特色专科1个、省级重点培育专科和建设专科各1个、市级重点专科10个、市级优势学科2个。医院成为西北遗传病防治联盟成员单位，加入复旦大学附属妇产科医院“红房子出生缺陷联盟”，牵头组建妇产科和儿科两个“专科联盟”。医院同时是市妇幼保健学会、生物医学工程学会理事长单位，市医学会、护理学会、中医学会、预防医学会副理事长单位，以及16个专业分会主委单位。医院集医疗、保健、科研、教学为一体，承担市辖4区8县和高新技术产业开发区妇幼保健业务管理和技术指导、妇女儿童健康状况监测、基层妇幼人员培训、孕产妇与新生儿抢救、妇女儿童与社区居民基本医疗保健服务，牵头管理国家重大、基本公共卫生项目和省、市妇幼公共卫生项目5类44项。
医院孕产保健部：国家级母婴安全优质服务单位、陕西省产前超声筛查中心、陕西省危重孕产妇救治与转诊中心，产科为陕西省医学重点专科。医院孕产保健部全面拓展产前诊断中心业务，获准开展产前诊断技术、孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断服务，开设遗传咨询、多学科会诊。与国际接轨，率先在全省开展“产待一体化”分娩服务，为孕产妇提供孕前、孕期、产时、产后等全程全生育周期保健服务。
医院妇女健康部：全国妇科内分泌与妇科常见病培训基地，西北地区腔镜培训中心和宫颈疾病诊疗中心。医院妇女健康部以女性系列保健为先导，为全市妇女提供青春期保健、更年期保健、医学美容、妇科内分泌、肿瘤、腔镜微创、中医妇科等全生命周期保健临床服务。
医院儿童健康部：是国家级儿童早期发展示范基地，位列全国前10名。医院新生儿科成为国家临床重点专科、全国新生儿学科培训基地。医院建成儿童哮喘标准化门诊并通过国家哮喘标准化门诊区域示范中心评审验收。医院儿童健康体系发展儿外、新生儿、儿童重症、儿童内分泌等疑难诊疗技术，开展小儿胸腔镜、腹腔镜手术，成立内镜中心，拓展小儿支气管镜、胃肠镜和新生儿喉软镜及皮肤、五官等诊疗业务。
医院生殖医学中心：建成地市级生殖医学中心，是一家获准开展辅助生殖AIH项目单位，全面开展辅助生殖（IUI）业务，周期妊娠率、临床妊娠率两项指标均超过质量管理要求平均水平，成为全市生殖医学领域医学研究及临床转化应用的标杆。医院截至目前，夫精人工授精成功妊娠并诞下健康婴儿30人，无出生缺陷婴儿，有效填补了宝鸡地区辅助生殖技术空白。
国家级重点专科：新生儿科、国家级儿童早期发展示范基地：儿童保健科、省级重点专科：产科、省级重点专科：小儿外科、、市级重点专科：妇科、市级重点专科：儿科、市级重点专科：遗传实验室、市级重点专科：生殖医学中、市级重点专科：小儿神经内科与康复科
妇一科、妇二科、产一科、产二科、产控中心、妇科门诊、产前门诊、产后康复科、乳腺科、计划生育科、生殖医学中心、手术麻醉科
儿童感染科、儿童消化营养科、儿童血液肾病内分泌科、中医科、内科、小儿外科、新生儿科、儿童呼吸科、儿童神经内科与康复科、儿童急诊重症科、儿童保健科、五官科
检验科、输血科、放射科、超声医学科、遗传优生实验室、病理科、药局
医院现有职工1300余人，其中中高级专业技术人员498人，博士1人、硕士研究生51人；国家级学会常委、委员32人，省级学会副主委、常委58人；市级突出贡献拔尖人才7人。
医院配备DNA定量分析系统、GE E8高档四维彩色超声多普勒仪、贝克曼电化学发光检测仪、德国肺功能测试系统、德国全自动核酸提取仪、耳聋基因检测仪、飞利浦IU22彩色超声诊断仪、高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶）、罗氏标本前处理系统、罗氏电化学发光检测仪、迈瑞五分类血球、美国锐珂公司锐珂“魔界”DRX-Evolution数字X射线成像系统、美国屹龙产床、母乳分析仪、盆底治疗仪、全自动时间分辨仪、染色体分析工作系统、日本产床、日立7600全自动生化分析仪、乳腺治疗仪、弱视斜视矫正系统、赛默飞世尔二氧化碳培养箱、同视机及裂隙灯、新生儿黄疸治疗箱、雅培电化学发光仪、原装进口飞利浦64排128层Ingenuity微平板CT机、长颈鹿多功能培养箱、转运系统、自动听觉诱发电位仪器、超导可视人流手术仪、牙科综合治疗机、血液透析和体外治疗仪、熊猫婴儿辐射台、乳腺高频X射线机、全自动血凝计时仪、徕卡冰冻切片机、耳鼻喉医用内窥镜摄像系统、德国斯蒂芬妮高档呼吸机、德尔格有创呼吸机、超声经颅多普勒血流分析仪、超高倍显微系统、ZLJ-2000颅脑降温抢救（监护）综合治疗仪、TCT宫颈癌筛查仪、NO气体治疗仪1、KCB-Ⅱ全自动仿生助产仪、C13呼气检测仪、眼科广域成像系统、ALLON2001体温调节系统、督脉熏蒸仪、飞利浦EPIQ 7C高端彩超等医疗设备。
医院的前身——宝鸡市妇幼保健站，成立于1954年4月，在市卫生局办公，市卫生局局长兼任站长，人员编制7人。
1969年下半年，因“文革”，机构解散，人员下放。
1975年恢复机构，时称妇保所、计生办,在市卫生局办公,设妇幼卫生、计划生育专干5人，负责全市妇幼保健、计划生育工作。
1979年妇幼保健、计划生育业务分开，全称为宝鸡市妇幼保健所，在市卫生局内办公，人员设置12人，分为儿保组、妇保组、办公组，除负责所内业务工作外，开始征地、设计，做建院前期准备。
1981年市政府批准征地7860平方米，同年10月在现址开始勘测奠基，进行门诊楼建设。
1982年12月市编委发文：宝鸡市妇幼保健所更名为宝鸡市妇幼保健院，人员编制40人，床位暂设30张。
1996年开始创建“二甲”工作，借创甲之际设置一级业务科室9个，二级业务科室7个，医技科室11个，职级科室6个，儿童保健科设6个亚专科，妇女保健科设12个亚专科，完善了各种规章制度180余种。
1997年医院创“二甲”成功，同时顺利地完成了卫Ⅲ项目终审评估工作。
2006年医院启动“创三甲”工作。
2007年12月以980分的优异成绩一举创建成为陕西省三级甲等妇幼保健院。
2010年9月4日，整合了宝鸡石油医院有限公司，将其改造成为全省地市级的儿童医院，建成了集妇产医院、儿童医院、代家湾分院及两个社区为一体的妇幼保健集团。
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