复旦大学附属眼耳鼻喉科医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院。医院由国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科学院；2001年更为现名。2004年，医院获“上海市红十字眼耳鼻喉科医院”冠名；2006年，获第二冠名“上海市五官科医院”；2020年，“复旦大学附属眼耳鼻喉科医院互联网医院”正式上线。
医院现有汾阳、宝庆、浦江三个院区，统一管理，提供同质化服务。汾阳院区位于上海市徐汇区汾阳路83号，占地33亩；宝庆院区位于上海市徐汇区宝庆路19号，占地2.4亩；浦江院区位于上海市闵行区江月路2600号，占地100亩。医院核定床位数894张，实际开放床位数733张。2019年总门诊量超248万人次，手术量超14万人次，医疗辐射全国各地。
2020年，医院荣获“全国文明单位”称号，建院以来共获8届“上海市文明单位”称号。
2020年9月29日，被评为上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体。
医院设有眼科、耳鼻喉科、眼耳鼻整形外科、放疗科、麻醉科、急诊科、口腔科、护理八个临床科室和放射、病理、药剂、检验、营养五个医技科室。
医院的眼科和耳鼻喉科均为国家重点学科及临床重点专科。在复旦大学医院管理研究所发布的《2019年度中国医院专科综合排行榜》中，医院耳鼻喉科连续11年蝉联榜首，眼科最新排名第二。医院为国家药物临床试验机构和医疗器械临床试验机构，拥有国家卫健委听觉医学重点实验室、国家卫健委近视眼重点实验室、上海市视觉损害与重建重点实验室，是上海市耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心、上海市听觉医学临床中心、上海市眼部疾病临床医学中心、上海市眼科临床质量控制中心、上海市眼视光学研究中心，是国家级和上海市住院医师规范化培训基地，是上海市眼科、耳鼻喉科、麻醉科专科医师规范化培训基地。2016年，医院成立眼科、耳鼻喉科两个研究院，整合资源，打造科研基础平台，实现临床科研一体化。2019年，成立临床研究和成果转化中心，加快推动临床研究，不断促进成果转化。
截至2020年11月，医院在职员工1408人，其中中国科学院院士1人，973项目首席科学家1人，长江特聘和讲座教授3人，国家杰出青年科学基金项目获得者3人，国家优秀青年科学基金项目获得者3人，国家“万人计划”科技创新领军人才1人，国家卫生计生突出贡献中青年专家2人。具有高级职称医师179人，博士生导师46名，硕士生导师55名。
医院承担的各级科研项目逐年增加，其中包括国家重点基础研究（973）项目、国家重大研发计划等。曾获得多项国家发明二等奖和国家科学技术进步二等奖，在国际顶级杂志《Nature》系列发表学术论文多篇。
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