东院位于浦东陆家嘴金融贸易区内，于1999年10月建成投入使用，占地86875m2，建筑面积206859m2；西院位于黄浦区中央商务区内，毗邻外滩，占地7811 m2，建筑面积31959m2；南院位于闵行区浦江镇，紧邻世博家园，于2012年12月建成投入使用，占地68497 m2，建筑面积82590m2；北院位于巨野路灵山路，占地6667 m2，建筑面积17350m2，于2013年7月全面启用；肿瘤所位于斜土路，总建筑面积7523m2，由癌基因与相关基因国家重点实验室、肿瘤流行病学研究室、十三个相关的研究课题组、辅助部门公共服务平台与《肿瘤》杂志编辑部组成，于2010年10月与仁济医院正式“院所合一”。
近年来，医院申请到的科研项目及专利逐年递增，包括国家级的973计划、863计划、国家自然基金（重大、重点）项目等，其中2013年科研经费达1.48亿元。医院还获得多项国家科技进步奖、中华医学科技奖、高等学校科技进步奖等；先后共有几百人次入围各级人才培养计划，包括973首席科学家、长江特聘教授、卫生部有突出贡献中青年专家、国家杰出青年、上海市领军人才等。
医院设有50个临床医技科室：消化科、心内科、血液科、风湿病科、老年病科、呼吸科、肾脏科、神经内科、内分泌科、肿瘤科、肿瘤介入科、康复科、急诊科、核医学科、放射诊疗科、泌尿科、胃肠外科、胆胰外科、乳腺外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神经外科、功能神经科、肝脏外科、整形外科、麻醉科、中医科、儿科、眼科、妇产科、妇科肿瘤科、生殖医学科、五官科、头颈外科、皮肤科、感染科、口腔科、营养科、放射科、超声医学科、病理科、检验科、药剂科、输血科、内科门诊、健康保健中心、变态反应科、重症医学科。
截止2013年底，医院共有在编职工2511人（不含南院），其中正、副高级职称专家328名；博导57名、硕导148名。
医院开放床位460张，配有3.0T多源磁共振、双能量能谱CT、专用介入磁共振、脑功能刺激仪、功能影像分析系统、分子影像分析软件等医疗设备。
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