医院现有南京路院区、后湖院区及谌家矶医养结合示范院区等三个院区，另设花桥门诊部。开放床位3398张，设有39个临床科室、7个医技科室、25个教研室和1个武汉市肿瘤研究所。糖尿病中心被市政府确定为“中国中部糖尿病医疗中心”，拥有中部医疗服务中心2个，省级临床重点专科33个，市级临床重点专科42个，初步形成了以“心血管疾病诊疗中心、肿瘤诊疗中心、妇科疾病诊疗中心、糖尿病诊疗中心”四大中心为龙头的重点专学科群，重点专科数量和级别位居全省前列。
先后荣获全国卫生文化建设先进单位、中国100家最具公信力三甲医院、湖北省文明单位、湖北五一劳动奖状、湖北省卫生系统先进基层党组织、武汉五一劳动奖状、武汉市创先争优先进基层党组织、武汉市十大知名综合医院等荣誉称号。
医院设有重点专科：心血管疾病诊疗中心、肿瘤诊疗中心、妇科疾病诊疗中心、糖尿病诊疗中心、血液内科、呼吸内科、神经外科、重症医学科、急诊科、耳鼻咽喉科、神经内科、心胸外科、风湿科、肾内科、口腔科、康复科、疼痛科、消化内科，内科：内分泌科、呼吸内科、血液内科、肿瘤科、心血管内科、神经内科、消化内科、肾内科、风湿科、急诊科、康复科、中医科、皮肤科、中西医结合肿瘤科、综合科，外科：神经外科、心脏大血管外科、胸外科、肝胆胰外科、疝与腹壁外科、肝胆胰疝外科（后湖）、甲状腺乳腺外科、泌尿外科、骨外科、胃肠外科、血管外科、耳鼻咽喉科、口腔科、眼科、重症医学科、麻醉科、医学整形美容科，妇产科、儿科、医技科室：检验科、影像诊断科、病理科、核医学科、超声影像科、药学部、中心实验室。
拥有职工4200多人，中高级职称1443人，博士、硕士1207人。享受国务院政府特殊津贴专家10余人，省、市各级专项津贴专家40余人，一大批专家在各专业学会担任要职。
医院医疗设备先进，技术精湛。拥有湖北省第三家复合手术室，3.0T磁共振、双源CT、全区域数字化乳腺X线机、数字化血管造影机、容积调强加速器等大型先进医疗设备360余台，装备水平位居华中地区前列。
1880年，在天主教湖北主教明位笃的筹划下，武汉市中心医院前身汉口天主堂诊所挂牌应诊；1893年，汉口天主堂诊所筹资修建病区大楼，成为汉口天主堂医院；1914年，发展成为一所设备、设施基本齐全的综合性医院。1955年2月，与原武汉市立第二医院组建成新的“武汉市第二医院”。1999年12月，武汉市第二医院正式增挂院名“武汉市中心医院”。2010年6月，挂牌华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院；2016年9月，正式成为直属附属医院暨华中科技大学同济医学院第五临床学院。
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