文山州中医医院始建于1985年9月，经过30多年的建设和发展，现已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等综合服务能力为一体的三级甲等中医医院，是云南中医药大学（非直属）附属文山中医医院、中国中医科学院广安门医院临床研究基地，2014年获国家中医药管理局批准成为“中医住院医师规范化培训基地”。
医院注重学科建设和技术创新，大力引进和开展新技术、新项目。近年来引进并成功开展了腔镜、微创、钬激光治疗泌尿系结石、血液透析、中药结肠透析、透析液结肠透析、筛查早期上下消化道癌并进行镜下电刀切除、镜下肿瘤注射化疗、骨密度测定等新技术以及冬病夏治“三伏贴”、“热敏灸”等中医特色治疗项目。医院制剂生产车间按国家GPP标准建设，设备先进，能生产片剂、合剂、煎膏剂、粉剂、酊剂等5种剂型30余种制剂产品。
医院先后获得“全国医院文化建设先进单位”、“云南省卫生系统行业作风先进单位”、“云南省中医药先进集体”、“云南省三八红旗集体”、“文山州卫生计生委2015年度安全生产和消防安全一等奖”等20余项荣誉称号。
2012年3月医院整体搬迁至文山市振兴路新址，占地面积40亩，建筑面积36303平方米。设有急诊科、痿病科（重症肌无力科）、妇产科、康复科、肛肠科、内科、心脑科、针灸科、骨伤科、外科、耳鼻喉科、皮肤科、重症医学科、感染性疾病科、麻醉科、精神科、儿科、推拿科、眼科、治未病科等23个临床科室和12个医技科室。肛肠科为国家“十二五”中医重点专科在建单位，肛肠科、骨伤一科、康复科为省级中医重点专科，针灸科为国家中医药管理局农村医疗机构特色专科建设项目科室，肾病科为云南省第四批中医重点专科，痿病科为文山州第一批中医重点专科。目前我院肛肠科、骨伤一科、康复科、针灸科、痿病科（重症肌无力科）、肾病科等专科专病技术在全州中医医院处于领先水平。
医院共有编制床位450张，实际开放床位450张。截至2019年4月，共有职工684人，其中卫生专业技术人员587人，占全院职工人数的86%，正高18人，副高67人。享受国务院政府特殊津贴1人，享受云南省政府特殊津贴1人，云南省“万人计划”名医1人，云南省第二批老中医学术经验继承指导老师2名，云南省第三批老中医学术经验继承指导老师 1名，云南省优秀青年中医6人，云南中医药大学硕士研究生导师2名。截至2018年，荣获省级科技进步奖三等奖1项，中国中医药研究促进会科技进步三等奖1项，荣获文山州科学技术奖励51项，其中科学技术进步一等奖1项，科学技术进步二等奖8项，科学技术进步三等奖40项，科普创作奖1项，科技普及奖1项。作为云南中医学院教学医院，承担着医学本科生、护理本科以及专科、中专生等的教学工作，并承担住院医师、专科医师及全科医师规范化培养等多项教学任务。
在坚持中医特色兴院的同时，医院大力引进现代化高精尖医疗设备，努力拓展医院的服务领域，大力提升医疗技术水平，近年来相继配备了磁共振、弹导碎石机、数字化X射线诊断系统、C臂X光机、医用钬激光治疗仪、等离子双极内窥镜系统、日本产尼普洛血液透析机、结肠透析机、电子胃镜、电子结肠镜、16排螺旋CT、多功能数字胃肠机、彩色多普勒超声诊断仪、全数字彩色B超机、全自动生化分析仪等设备，为医院的健康持续发展奠定了良好的基础。
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