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1、京都伊根舟屋
上榜理由：海上舟屋沿湾排列，日本威尼斯。
伊根位于京都府北部，以舟屋闻名。舟屋一层停船，二层住人，沿伊根湾排列。从海上可乘游览船，从高处可到道之驿俯瞰。当地渔业与民宿结合，可住舟屋体验渔村生活。从京都出发约三小时，适合与天桥立串联。这里游客不多，海风与旧屋构成安静画面。
2、德岛祖谷溪
上榜理由：日本三大秘境之一，藤蔓吊桥与溪谷。
祖谷溪位于四国德岛县，是被石灰岩围绕的深邃峡谷，被誉为“日本三大秘境”之一。最具代表性的景点是用藤蔓编织的祖谷蔓桥，摇摇晃晃悬于峡谷之上，充满原始野趣。沿岸散落传统茅草屋旅馆，可泡露天温泉看峡谷星空。从德岛站搭JR至阿波川岛站，再转巴士约四十分钟可达。
3、山口萩市
上榜理由：武士旧街与萩烧，没有游客的城下町。
萩市位于本州岛西端，是武士、革命家和诗人的故乡。堀内地区保留武士家族宅邸，高耸土墙与瓦顶屋交错。萩烧陶瓷闻名超过四百年，市内数十家窑炉可参观体验。松花村塾是明治维新志士吉田松阴执教之地，免费参观。从新山口站乘巴士约一小时可达，适合安排两天一夜。
4、北海道摩周湖
上榜理由：透明度日本第一，神秘“摩周蓝”。
摩周湖位于北海道东部阿寒摩周国立公园，是火山口湖。爱努语称之为“神之湖”，以倒映蔚蓝天空的“摩周蓝”闻名。透明度全球数一数二，四周险峻断崖环绕，不能走近湖边，可从三座观景台眺望。从JR摩周站搭巴士约三十分钟到达第一观景台，免费开放。
5、秋田乳头温泉乡
上榜理由：日本最隐秘温泉第一，混浴雪见露天。
乳头温泉乡位于秋田县八幡平国立公园内，由七间温泉旅馆组成。在“值得推荐的秘境温泉”调查中连续三年位居榜首。鹤之汤拥有三百五十年历史，露天混浴是最著名秘汤。冬季雪见温泉，边泡边听溪水雪落声。从田泽湖站乘巴士约三十分钟可达。
6、东京青之岛
上榜理由：日本最难到达的人居岛，双重火山口。
青之岛位于伊豆诸岛最南端，距东京约三百五十公里，四周皆悬崖峭壁，仅约一百六十位居民。岛屿由双重火山口构成，中央为巨大火山口，自然景观独特。登岛需乘船或直升机，就航率低，被称为“日本最难到达的岛”。适合追求极致秘境的旅行者，岛上民宿可住一晚体验孤岛生活。
7、长野上高地
上榜理由：日本阿尔卑斯自然天堂，梓川漫步。
上高地是日本阿尔卑斯山中的自然天堂，沿梓川漫步可呼吸纯净空气，欣赏高山与随季节变色的森林美景。河童桥是标志性景点，大正池与明神池也值得步行前往。冬季封山，每年四月开山后至十一月可游览。从松本或高山乘巴士可达，适合安排两天一夜，住山间小屋。
8、广岛三段峡
上榜理由：国家特别名胜，人力渡船游峡谷。
三段峡位于广岛县西北部，全长约十六公里，被指定为国家特别名胜。峡谷内黑渊、猿飞、二段瀑布等五大天然景观依次展开。可搭乘人力渡船在碧绿河面上游览，感受山水画卷般的静谧。从广岛市区乘巴士约一小时可达，游客稀少，适合喜欢溪谷徒步的旅行者。
9、岛根隐岐群岛
上榜理由：联合国地质公园，摩天崖与清澈海水。
隐岐群岛位于岛根半岛以北，从七类港乘汽船约两小时抵达。岛上海水清澈见底，枫叶季节随处是彩色山头。摩天崖是联合国教科文组织世界地质公园的标志性景点，悬崖直插入海。可租车环岛，经过玉若酢命神社看两千年大树。游客极少，适合慢节奏离岛旅行。
10、宫崎椎叶村
上榜理由：日本三大秘境之一，平家落人传说。
椎叶村位于宫崎县深山，与祖谷、白川乡并称日本三大秘境。村落与十二世纪末源平之战后隐遁山中的平家落人传说有关。这里保留传统烧田农耕与山间生活，椎叶神乐是重要民俗。从延冈站乘巴士约两小时可达。游客稀少，适合想体验日本深山村落原貌的旅行者。
