桑耶寺整个寺庙坐北朝南，寺庙的平面为椭圆形，按佛经中的世界构造进行了布局，似一长形院落，占地面积约2.5万平米。桑耶寺是以古印度波罗王朝在摩揭陀所建的欧丹达菩提寺为蓝本兴建的，虽然后世因为火灾而多次重建，但建筑格局始终保持了初建时的风貌。
整个寺院的布局，是按照佛经中的"大千世界"的结构布局设计而成，是依照密宗的曼陀罗建造的：乌孜大殿代表世界中心须弥山，大殿周围的四大殿表示四咸海中的四大部洲和八小洲，太阳、月亮殿象征宇宙中的日、月两殿，寺庙围墙象征世界外围的铁围山；主殿四周又建红、白、绿、黑四塔，以镇服一切凶神邪魔，防止天灾人祸的发生。围墙四面各设一座大门，东大门为正门。
桑耶寺以金大殿（乌孜仁松拉康）为主体。桑那寺建筑规模宏大，殿塔林立，以金大殿（乌孜仁松拉康）为主体，组成一座庞大、完整的建筑群，总面积约2.5万余平方米。整个寺院的布局，是按佛教想象中的“世界”的结构设计而成，一般认为是以古印度摩揭陀地方的欧丹达菩提寺（飞行寺）为蓝本；也有人认为，桑耶寺的建筑形式与佛教密宗的“坛城”（即曼陀罗）相似，是仿照密宗的曼陀罗建造的。位于全寺中心的“乌孜”大殿，象征宇宙中心的须弥山；“乌孜”大殿四方各建一殿，象征四大部洲；四方各殿的附近，各有两座小殿，象征八小洲；主殿两旁又建两座小殿，象征日、月：主殿四角又建红、绿、黑、自四塔，以镇服一切凶神魔刹，防止天灾人祸的发生；而且在塔周围遍架金刚杵，形成108座小塔，每杵下置一舍利，象征佛法坚不可摧，此外，还有一些其它建筑，为护法神殿、僧舍、经房、仓库等。全部建筑又围上一道椭圆形围墙，象征铁围山，四面各开大门一座，东大门为正门。
桑耶寺的中心主殿是乌孜大殿，即祖拉廉：“其地基高厚而大，所备之原材料静致完好，如同螺碗盛满玛瑙一般。”乌孜大殿大殿坐西朝东，高三层，建筑面积达6000多平方米，式样别致。每层殿堂的空间很高，一般在5.5—6米之间，而且第二、三层均在殿堂前建有低于大殿的宽敞阳台，这即使大殿内得到充足的光线，同时外观也显得更加壮丽大方。从远外眺望，大殿似五层楼房，实际只有三层，这三层各属不同的建筑风格。据有关文献记载，“乌孜”大殿的建筑吸取了西藏、中国内地和印度的构造风格。
乌策大殿（乌孜仁松拉康）又称多吉德殿，是寺中高大壮观的建筑，总面积约8900平方米。大殿坐西朝东，外观似有五层，内部实际只有三层，每层的高度在5.5米到6米之间。殿堂的底层为藏式建筑，中层为汉式建筑，上层为印度风格，分别由三地的工匠设计施工，因此也有人把寺院称作“三样寺”。
白塔为四方形密檐式砖塔，8层，高约18米，建在大殿东南角，形制与北京北海的白塔略，皆用石块、石板砌成，因塔体全为白色故名“白塔”。在塔基的方形围墙上，立有108座小塔，塔身方形，在腰部以上逐层收分如阶梯，上有覆钵形塔腹。但覆钵扁平而宽大，没有龛门，宝刹上置十七环相轮。在转经道旁有十六罗汉石像，分别雕刻在边长为0.74米的方形石板上，极为精致。
黑塔，7层，高约15米，建在大殿的西北角。塔形也很特殊，塔身如三叠覆锅，刹盘上托宝剑。第二级相轮七环，上即瓶盖和宝珠。塔身为条砖砌成，全为黑色。
红塔，16层，高约35米，建在大殿的西南角，造形极为特殊，塔身用砖石砌成，形方而实圆，状如覆钟，腰部以上呈环状纹，上部为覆钵形塔腹，宝刹之上置两段相轮，上为七环，下为九环，塔身为土红色并泛有光泽。
绿塔，4层，高约10米，建在大殿的东北角，平面呈四方多角形。塔基甚高，沿阶数级而达第一层，四面各有龛室三间，内有塑像，每面都有明梯通往二层。二层每面只有龛室一间，亦各有塑像。第三层为覆钵形的塔身，上置相轮宝刹，刹身很长。相轮分为三级，每一级自方形托盘上置相轮九环，中间一段为第二级，有相轮七环，第三级有相轮五环。伞盖上承宝瓶和宝珠。塔身为绿色琉璃砖砌成。砖为土加粗沙烧制，质地坚硬，釉色苍郁而富光泽，极其精美。
1、拉萨的西郊客运站坐往山南的班车到桑耶渡口下，需时3小时，票价27元/人。坐渡船到对岸，游客10元，藏民3元。再搭卡车或拖拉机或客车去到桑耶寺院内，一般3元。
2、拉萨及泽当每天早上都有班车直接经过泽当的大桥开到桑耶寺大院内。拉萨直接到桑耶寺的班车，每天早上八点前在大昭寺广场坐，早的六七点就有了，票价50元
煨桑节是藏族特有的宗教活动，一般在夏季五、六月举行。藏族煨桑仪式一般在五谷丰登，国泰民安，婚丧嫁娶，旅途安全，祛病延年等场合举行。煨桑的起源要追溯到古象雄时期，雍仲本教幸饶弥沃如来佛祖从象雄到了工布（林芝），在这里初转法轮，并传下了煨桑的方法。
煨桑是藏族盛行的一种宗教仪式，用松柏叶、坎巴花、糌粑以香料点燃祭神。“桑”本意为“清洗、消除、驱除”等净化之意。煨桑时，先将柏树枝放置桑炉内点燃，然后再撒上些许糌粑、茶叶、青稞、水果、糖等，后再用柏枝蘸上清水向燃起的烟火挥洒三次。煨桑者要口诵真言。经上说，本尊护法等是不食人间烟火的，只要闻到桑烟之香味便宛如赴宴，藏语称其为“智萨”（即食味）。所以僧俗民众总是到寺院、山顶煨桑祭神，给神灵以供养，给自己以精神解脱。
桑耶寺的宗教节日和宗教舞蹈非常古老。每年藏历1月10日跳金刚神舞，11日跳经藏会供金刚神舞。藏历5月15～16日又跳金刚神舞，17日再跳经藏会供金刚神舞。藏历1月10日黎明，桑耶寺僧人和周围群众登上屋顶向东凝望，传说这天莲花生大师要骑着太阳的第一道金光重返西藏。接着跳金神舞，一千二百多年前桑耶寺的首建者藏王赤松德赞、大堪布菩提萨埵、密法师莲花生的形象都要出现于舞台，主角还有莲花生的8个化身。
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