明朝万历四十七年，马士英与阮大铖同中会试。又三年，士英授南京户部主事。天启时，迁郎中，历知严州、河南、大同三府。崇祯三年，迁山西阳和道副使。五年，擢右佥都御史，巡抚宣府。到官甫一月，檄取公帑数千金，馈遗朝贵，为镇守太监王坤所发，坐遣戍。然而此乃官场惯例，故而当时颇有东林复社集团之人上书称此为阉党构陷。
马士英后来流寓南京。跟阮大铖名挂逆案，失职久废，以避流贼，与马士英相结甚欢。
当时阮大铖的诗词“流传演唱，与东嘉、中朗、汉卿、白、马并行”，又得“识者推重，谓……实得词家正宗嫡派”，阮家戏班更是冠绝当时，号称金陵第一；兼且其门庭若市，“南中当事多与游，……呜驺坐舆，偃蹇如故；士大夫缱绻，争寄腹心”，可见相结甚欢的并非马士英一人而已。
不久复社和东林党人图谋以周延儒再相，秘密筹集政治资金。大铖企图与东林消除敌对，就献金万两佐之。后周大拜，入内阁，为首辅，欲报答。因东林同人反对而作罢。大铖推马士英以自代。马士英遂再起。
在嘉靖朝的“大礼议”和万历朝的“争国本”事件中，东林朝士们孜孜以争的就是血统亲疏和长嫡，所谓的伦序纲常，按照他们的那套理论，福王朱由崧是当然的不二人选。
首先福王朱由崧的父亲老福王朱常洵，要比惠王朱常润、桂王朱常瀛两藩都居长，而朱由崧又是其长子，和崇祯是同一辈，乃是崇祯的亲堂兄，所以无论是论长幼还是依嘉靖继位的“兄终弟及”先例，他都显然优于惠、桂二王。
至于潞王朱常淓，不但血缘关系隔了一层，连辈分也要大崇祯一辈，所以怎么看都不太可能轮得到他。
但这个时候相当部分的东林党人闭口不讲嘉靖“大议礼”和万历“争国本”时他们那套被奉为“万世法”的伦序纲常了，却开始讲起“立贤”来了。 [7]
诸大臣虑福王立，或追怨“妖书”及“挺击”、“移宫”等案；潞王立，则无后患。阴主之者，废籍礼部侍郎钱谦益，力持其议者兵部侍郎吕大器，而右都御史张慎言、詹事姜曰广皆然之。前山东按察使佥事雷縯祚、礼部员外郎周镳往来游说。
史可法偷偷约见马士英，在浦口与之密谈。
而马士英也有心要立个大功，于是两人很快达成了一致意见，秘密商定出一个两不得罪的折中方案，即放弃福王和潞王，拥立桂王朱常瀛。史可法遂于到达浦口的第二天，写信回南京，提出了拥立桂王，同时由潞王仿照古兵马元帅之制暂时统率兵马的方案。
而盘踞在南京的东林势力，其实只要不是福王朱由崧继位，无论选谁都是不会有意见的，所以他们一接到史可法的方案，礼部就马上准备了各种仪仗，打算出发去广西接桂王到南京继位。
史可法当时心里都是很清楚的，他在与姜曰广私下商议拥立人选时，先曾对“拥潞”一事表态道：“此兵端也！”同时也表明他心里其实很清楚，哪怕就是拥立福王继位，亦无足为患。
可惜的是，这位握有拥立大权的残明第一重臣史可法大人，在关系到社稷安危如此重大的政治问题上，表现有些让人嗟叹。
在他以上言论泄露之后，“拥潞”诸人气势汹汹，舆论大哗，史可法既不敢表明自己的政治态度，据理力争，坦言福王伦序当立、“拥潞”或将开肇兵端，也不敢坚持自己的观点，站出来阐述自己对这一问题的认识，以打消众人对“拥嫡”的疑惧之心，而是畏首畏尾至于“引避不言矣”，最后竟搞出了一个试图两不得罪，不伦不类的“拥桂”方案。
这个“拥桂”方案，一不合伦序纲常，放着崇祯帝的亲堂兄弟不立，却去立崇祯帝的叔叔，虽然大家都是万历皇帝所出，但这样做置天启、崇祯二帝于何地？置福王于何地？驱之亦或杀之焉？因此其本质和“拥潞”并无太大的区别。
二是极度缺乏操作性，比之“拥潞”都不如。潞王朱常淓好歹和福王一样，都近在淮安，几天就可以到南京。而桂王却远在数千里之外的广西，一个来回几个月总是要的，到时候只怕这位桂王还没到南京，大顺军或清军早已兵临城下了。
在此一事中，史可法自见识和政治手段上看，虽然有所认识，但优柔寡断顾虑重重，并无一个卓越政治家的决断和魄力，不敢快刀斩乱麻安定局势，以至后来不得不出京避祸，空自丧失重整朝廷的大好时机；在确立国君的问题上，一遇阻力和反对，并无仗义执言之勇气，只求不得罪各方势力。这比之他老师左光斗，还是有些许差距的。
在凤阳“拥嫡”成为定局后，马士英率军五万，拥着福王朱由崧浩浩荡荡直奔仪真，福王在那里捎上史可法后往南京而去，马士英则率大军驻扎不动。
马士英起用阮大铖后，与东林党人和依附东林的前齐党高弘图等多有争执。弘光元年 (1645)春，建州伪豫亲王多铎率军南下，五月初，南京陷落，弘光朝廷灭亡。马士英南走浙江杭州、绍兴等地，最后入太湖投长兴伯吴日生军中继续抗贼，斗争失败后被建州军于太湖擒杀。一说马士英遁逃台州后，入四明山削发为僧，清兵剥其皮，实之以草，极为惨烈，却被东林称为“马瑶草生怀瑶死怀草”。
在南京城破后，清军统帅多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中：
多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入浙江，当然是忠臣。”他指着已经剃发易服的赵之龙等人说：“这些人才是不忠不孝之人。”
《明史》谓马士英“为人贪鄙无远略，复引用大铖，日事报复，招权罔利，以迄于亡”。顾诚的《南明史》评价马士英固然不是救时之相，但把他列入《明史·奸臣传》似乎过重。至于把他同阮大铖挂在一起称之为“阉祸”更是无中生有。陈垣《明季滇黔佛教考》云：“弘光阁臣贵阳马士英，兵败后，亦削发入四明山中，为清兵擒戮，事见刘銮《五石瓠》……老友安顺姚大荣先生谓《明史》以士英入《奸臣传》不当，撰《马阁老洗冤录》以驳之，其说允否，自有公论。惟士英实为弘光朝最后奋战之一人，南京即覆，黄端伯被执不屈，豫王问‘马士英何相？’端伯曰‘贤相。’问‘何指奸为贤？’曰‘不降即贤’。谅哉！
历史上，马士英的一大污点是出任大明弘光皇朝的宰辅后，重用其同年友阮大铖，为时论所不容。阮大铖一朝大权在握，便对讽刺他的复社成员大张鞑伐，或拘捕下狱，或肆意杀害，但根据当时的一些历史资料记载，认为马士英对阮大铖的行为是有所限制的，没有放任阮氏恣意妄为，对江南文士，并非抱敌视态度，对其中一些正直有为之士，有意加以启用；对复社人士更没有赶尽杀绝。
《明史》在《奸臣传》中，将马士英、阮大铖二人交错而写，造成两人关系非同寻常的印象。作为正史，不仅不加考证和辨识地采用大量言无实据、似是而非的传言，而且为世间言南明者必称马阮误国提供了依据。马士英同阮大铖，两人在特定处境之下，结成了诗酒雅集但并非政治同盟的关系。后来，阮大铖助马士英复出之说被渲染传播，而马又不肯在施政时迁就复社东林党人，造成“被对立”的局面，马阮这种关系就被方方面面有意夸大。
贵州省文史馆馆员张祥光先生则认为，马士英在弘光政权中，排挤史可法自掌兵权，最后使弘光朝廷灭亡，没有留下什么值得肯定的事，结果“身败名裂”，但“奸臣”这个罪名判得太重了，理由是：马士英始终在抗清，他并没有向清朝“投降”，马士英与史可法等人的矛盾，是大明政权的内部斗争，与“奸臣”罪名不应混为一谈。
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