东部战区总医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院（含八十六临床部）、原第八十二医院（含一四九临床部）、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。
医院着眼全面提升遂行多样化军事任务卫勤保障能力，加强战备质量建设，完善绿色救治通道，近年来出色完成了利比里亚维和、海地救援、赞比亚军援以及9.14汤山毒鼠强中毒、8.9氯气中毒、5.25重大交通事故、7.28南京爆炸事件、5.12汶川抗震救灾、8.2昆山爆炸事故等国际国内维和救援任务。
东部战区总医院先后有49人获得政府特殊津贴，17人次获得“何梁何利奖”“国家突出贡献中青年专家”“国家杰出青年基金”等重大奖项。
医院先后被表彰为“全国百佳医院”“全国拥政爱民模范单位”“全军为部队服务先进医院”“全军国家级应急专业力量建设先进单位”等，“研究型医院”建设的经验被中宣部列为重大典型宣传。涌现出全国重大典型“矢志报国为民的优秀共产党员”,“胜利功勋荣誉”获得者黎介寿院士、南丁格尔奖获得者陈声容等先进典型。
截止至2019年，东部战区总医院现拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。
截止至2019年，东部战区总医院的医疗设备处于国际一流，拥有术中放疗机、“达芬奇”手术机器人、双源CT、射波刀、PET/CT等现代化医疗设备。推行“医院管理智能化、医疗信息数字化、机关办公自动化、卫勤保障精确化”，信息化水平全国一流，是全军数字化示范医院。处于国际领先的技术有：肾脏疾病一体化诊断治疗技术；肝肠脾多脏器联合移植（亚洲首例）；复杂性肾脏病的中西医结合治疗；脑垂体移植（国际首例）；小肠移植（亚洲首例）；肠外瘘的治疗等。
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