耿夔年轻时有气概。永元元年（公元89年），耿夔担任车骑将军窦宪的假司马，跟随军队北上攻打北匈奴。六月，窦宪、征西将军耿秉从朔方郡的鸡鹿塞出发，南匈奴单于栾提从满夷谷出发，度辽将军邓鸿从阳塞出发。三路大军预定在涿邪山会师，出击北匈奴。窦宪分别派遣耿夔与副校尉阎盘、司马耿谭，率领南匈奴左谷蠡王师子、右呼衍王须訾等人，带精锐骑兵一万余人，和北匈奴单于的军队在稽洛山（位于今蒙古国）展开大战。汉军大败北匈奴军，北匈奴单于逃走。汉军追击北匈奴各部落，直至私渠北鞮海（位于稽落山西北），北匈奴单于逃往乌孙国。汉军共斩杀北匈奴大部落王以下的一万三千人，生擒很多北匈奴部众，还俘获各种牲畜一百余万头。北匈奴温犊须、日逐、温吾、夫渠王柳鞮等八十一部率领军队、百姓，共二十余万人，向东汉朝廷称臣投降。耿夔因此战功，被任命为骑都尉。
永元三年（公元91年），窦宪因北匈奴力量微弱，想趁势消灭北匈奴。二月，窦宪出兵河西，任命耿夔为大将军左校尉（一作大将军右校尉），让耿夔与司马任尚、赵博等，率领八百名精锐骑兵，出居延塞（今甘肃额济纳旗），直奔北匈奴单于的王庭，在金微山（今阿尔泰山）包围北匈奴单于。汉军大败北匈奴军队，俘虏北匈奴单于的母亲阏氏，斩杀大部落王以下五千余人。北匈奴单于仅与几名骑兵脱身逃跑，不知去向。汉军全部缴获北匈奴的财宝、牲畜，并追出塞外五千余里后而回，其距离之远，是自汉朝出兵匈奴以来未曾达到过的。耿夔因功被封为粟邑侯。
北匈奴单于不知去向后，他的弟弟左鹿蠡王（一作右谷蠡王）於除鞬（一作于除鞬）自立为单于，率领右温禺鞬王、骨都侯以下的八个部落二万多人（一作数千人），在蒲类海（今新疆巴里坤哈萨克自治县巴里坤湖）放牧，派使者前来归顺东汉。大将军窦宪上书朝廷，要求立於除鞑为北匈奴单于。朝廷采纳了窦宪的意见，于是立於除鞬为北匈奴单于。永元四年（公元92年）正月，朝廷任命耿夔为中郎将，派他授给於除鞬印信绶带，赏赐玉剑、马车等物，并命中郎将任尚持符节护卫耿夔，屯驻伊吾。同年六月，窦宪失势自杀，耿夔受到牵连被罢免官职、削夺爵位。
后来，耿夔出任长水校尉，又拜任五原太守，升任辽东太守。元兴元年（公元105年）春天，高句丽王国国王高宫领兵侵入辽东郡（治所襄平，今辽宁大凌河以东地区）六县，耿夔率众出击，将其击退。九月，貊人侵犯辽东郡地界，耿夔率军追击，杀死貊人头领。同月，耿夔又率军攻击高句丽王国，大败高句丽的军队。
永初三年（公元109年），南匈奴单于檀（檀，南匈奴单于的名字）反叛东汉，在美稷（今内蒙古准格尔旗）包围东汉中郎将耿种。十一月，朝廷任命大司农何熙代理车骑将军职务，以中郎将庞雄为副手，统领五营兵及边境各郡士兵，共二万余人。又派耿夔率领鲜卑和各郡部队屯守雁门，与何熙等人一起打南匈奴单于檀。 何熙推举耿夔作先锋，而派他的司马耿溥、刘祉率领二千人和耿夔一道进军。永初四年（公元110年）正月，南匈奴包围耿种已达数月，耿夔与代理度辽将军梁慬，率军在原先属国都尉治所的旧城与南匈奴军交锋，南匈奴单于檀派薁鞬日逐王三千多人拦击汉军。耿夔自己攻打南匈奴左侧，让鲜卑攻打南匈奴右侧，南匈奴最终战败逃跑。汉军追击斩杀一千多人。杀死南匈奴的名王六人，缴获毡帐辎重一千多辆，马畜牲口很多。鲜卑的马大多瘦弱有病，于是鲜卑反叛出塞。耿夔不能单独进军，因为没有追击到底，被贬任为云中（郡治在今内蒙古托克托东北）太守。永初五年（公元111年），耿夔接替梁慬担任代理度辽将军。
耿夔勇敢而有气概，屡次冒犯出使匈奴的中郎将郑戬。元初元年（公元114年），耿夔获罪被逮捕入狱，朝廷罢免其度辽将军的职位，免除死罪，鞭打二百下。
建光元年（公元121年），耿夔再度出任度辽将军。八月，鲜卑首领其至鞬侵犯居庸关。九月，云中郡太守成严进行回击，被鲜卑打败。功曹杨穆用身体保卫成严，二人一同战死。于是鲜卑军在马城（今河北怀安西）包围乌桓校尉徐常。耿夔与幽州刺史庞参征调广阳（今北京大兴）、渔阳（今北京密云西南）、涿郡（今河北涿县）三郡部队救援徐常，鲜卑军解围离去，耿夔与庞参追击鲜卑军出边塞而回。
延光元年（122年）七月，羌族虔人部落与上郡的胡人一同反叛东汉，攻打谷罗城，耿夔将他们全部打败。 同年
延光三年（124年），当时，鲜卑屡次侵犯边境，耿夔与南匈奴温禺犊王呼尤徽率领刚新归降的部落连年出塞征讨鲜卑。返回后，则让他们到各要塞驻守。耿夔的征调频繁而辛苦，新归降的人都十分怨恨，其首领阿族等人于是反叛。后来，耿夔因犯罪免官，最终死于家中。
范晔《后汉书》：①“少有气决。” ；②“夔勇而有气” ；③“秉洽胡情，夔单虏迹。”
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