公元23年（新莽地皇四年）九月，王莽政权败亡，绿林军拥立刘玄为帝，改元更始。刘玄登基之后，派遣使者巡行郡国。万脩被任命为信都（今河北衡水西南）令。
公元23年（更始元年），刘玄遣刘秀行大司马事北渡黄河，镇慰河北州郡。刘秀到河北后不久，王郎在邯郸称帝，还悬赏：“天下有得刘秀首级献于朕者，赏邑10万户。”一时间，刘秀的处境颇为艰难，离蓟南下。
王郎称帝之后，河北各地大多数都拥护王郎，只有信都郡拒不投降王郎，万脩与太守任光、都尉李忠、令万脩、功曹阮况、五官掾郭唐等一起，同心同德固守信都，以待刘秀。
公元24年（更始二年）春，刘秀自蓟回来，狼狈得不知往何处去，听说信都独为汉拒王郎，就奔赴信都。任光、万脩、李忠等独守孤城，怕敌军来攻时保不住城池，听说刘秀到了，大喜过望，城中的官吏民众都称万岁，即时打开城门，任光、李忠、万脩率领官属欢迎晋谒刘秀。
刘秀入驻信都之后，万脩被拜为偏将军，封造义侯。
随后刘秀任命宗广领信都太守职务，留守信都郡，自己率领任光、万脩、李忠等诸将征讨周边不服从命令的属县。整顿兵马之后开始讨伐王郎，公元24年（更始二年）五月，汉军攻破邯郸之后，为了封赏万脩在平定王郎之役所立功劳，刘秀又拜万脩为右将军，此后万脩跟从刘秀参加了平定河北的一系列战役。
公元25年（建武元年）六月，刘秀称帝。称帝后决定首先夺取洛阳，为削平群雄，统一天下作准备。
公元25年（建武元年）七月，汉军开始了攻打洛阳的战役，除了耿弇、陈俊屯军五社津（今河南巩县西北黄河上）负责阻击更始援军之外，万脩、贾复、侯进、冯异、祭遵、王霸、刘植、坚镡、岑彭、王梁、朱祐等十一员大将在汉军大司马吴汉的率领开始围攻洛阳。当时镇守洛阳的是更始皇帝刘玄的大司马朱鲔，因为是杀害刘演的主谋之一，所以拼死防守，万脩诸将围城数月都没有打下洛阳，后来朱鲔在岑彭的劝说之下投降，汉军才进入洛阳。
公元26年（建武二年）春，刘秀称帝后第二次大封功臣，改封万脩为槐里侯。
公元26年（建武二年）八月，万脩与吴汉、耿弇、景丹、景丹、冯异、陈俊、坚镡等诸将随刘秀北击五校流民军，一举迫降五校流民军五万余人。但就在此时南方传来急报：后方南阳郡”起火“了。
原来南阳郡堵乡县人董訢乘汉军主力北上之际，聚众作乱，捉住了南阳太守刘驎，据城反叛。复阳县人许邯也起兵于杏聚，以声援董訢。刘秀得到南线的警报，急令大司马吴汉为主将，扬化将军坚镡、右将军万脩为副将，率领汉军主力十余万掉头南下，驰援南阳平叛。汉军南下之后迅速攻占宛城，董訢被迫带领残部逃回堵乡。但一片大好的形势却被汉军败坏的军纪破坏了，由于汉军平定南阳之后烧杀奸淫，大发横财，百姓哀号垂泪，痛苦万分。刘秀手下的破虏将军邓奉正好从洛阳回新野探亲，一气之下举兵造反，汉军部队被邓奉、董訢、许邯等三部分割成为互不连续的几块。盘踞于黎丘、与邓奉结成联盟的的楚黎王秦丰率军大举北上，与邓奉一起对吴汉所部形成了南北夹击之势。吴汉率军东逃，宛城被邓奉围困，孤立无援。就在这形势万分危急之时，万脩却因为患病，在军中去世。
汉明帝永平年间，明帝追忆当年随其父皇打下东汉江山的功臣宿将，命绘二十八位功臣的画像于洛阳南宫的云台，名列第二十六位。
万脩在万氏宗族中有很高的地位，在万姓宗祠通用联中，有三幅都与万脩有关。
第一幅：功高槐里（万脩）；孝著成乡（万敬儒）。
第二幅：学富推荐石园儒（万斯同）；功高御封槐里侯（万脩）。
第三幅：继往开来，阐闲门道脉（万章）；安邦戡乱，振云台武功（万脩）。
万氏宗族之中的槐里堂就是为了纪念万脩而建立的，而泾县万氏则是以万脩为始祖开始修家谱的。
在《东汉演义》里，万脩被写成万休，字伯生，原在青峰山落草为寇，手使三股钢叉，骑的马叫玉顶甘草黄。归顺刘秀后是云台三十六将之一，星号张月鹿。
他出场的片段就是“郭家庄招亲”。话说刘秀君臣出离昆阳，路经郭家庄，巧逢青峰山大寨主火灵官张美要来抢亲，刘秀等人仗义出手，大寨主火灵官张美被姚期痛打后逃回山寨，率领人等回去厮杀。螳螂捕蝉，黄雀在后，留守山寨的三寨万休与二寨王梁为人都很正直，反对张美抢亲，就乘机倒反青峰山，投降刘秀，最后众将群殴张美，刘秀于郭家庄招亲。此后万休随刘秀征战天下，被封为槐里侯。
谈迁：“而邳彤、万脩运奇掌上，逐鹿而树万全之功，非佐命巨擘乎？（《枣林杂俎》）
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