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法国历史学家勒内·格鲁塞的《草原帝国》：“明朝伟大的永乐皇帝所贯彻的政策，即为了打倒忽必烈家族而扶持年轻的发展中的卫拉特势力，是在他死后才见效的。”但明宣宗放弃战略机遇，“自仁宗不勤远略,宣宗承之。”导致宣德五年瓦剌首领脱欢密遣麦克零部落迎脱脱不花，宣德八年脱脱不花被脱欢立为大汗。脱欢以脱脱不花汗的名义统一安乐王、贤义王及和宁王所部，并联姻忠顺王，逐渐侵蚀明朝边界，明英宗君臣志在重新振兴。朱祁镇在正统三年、正统六年、正统九年、正统十四年所发动的四次大规模北伐。在第四次北伐中明英宗因情报系统失灵战败被俘。明英宗正统四年（1439年）脱欢死，其子也先继位后，不仅漠南诸部全被征服，且东胁朝鲜，西略哈密，草原大半，尽为其所制。也先每年冬遣人贡马于明。起初所遣使者不过五十人，后贪朝廷厚赏，岁增至二千余人，并屡屡索要贵重难得之物。稍不遂，即制造事端，明廷所赐财物，不得不岁有所增。
仁宣朝的治边策略既班固所批评的治边观念，“缙绅之儒守和亲，介胄之士言征供。征伐则民力竭，和亲则国威丧，于是有“守四夷羁縻不绝，地不可耕，民不可臣”乾隆认为此言兴臭然！羁縻之道，清朝强调恩威并施，抚剿并重，宣德五年前，蒙古各部陆续南下紧贴明堡居住，边将奏报力主严剿，远离边地的明宣宗认为本无漠北问题，纯属有心者煽动与边臣挑衅。“尔但宜慎边备，固城池，彼不犯边，毋擅以兵逼之，果来降，亦察其实，俾之入境，或近边居止，或打围，或往北行，听其所之”宣德八年，海西女真不断受到兀良哈等蒙军的侵扰故向辽东都司求救，明宣宗亦以“彼来扰（辽东）则御之，不扰亦勿侮之”。宣宗的决策给明蒙双方造成很大影响，彼时明军军力尚处于强盛时期，蒙古自思不能力敌既以使臣名义遣间谍长居明边，招揽明将，避免直接与明军发生冲突，专重蚕食东胜，开平，大宁旧地，以脱脱不花的名义安稳蒙古各部，镇抚关西七卫、女真卫所；而明军麾下女真卫所、蒙古降人、汉人将领发现既然无法同洪武永乐时代那样依靠对抗蒙军升官，保境，只能选择与蒙军合作发财，以求静边。因正统朝明军开始勤于边务才得以发现仁宣朝各处边防漏洞，正统十年十一月庚寅，明英宗朱祁镇接到报告说来朝贡的瓦剌使臣随行物品中携带了大量盔甲兵器弓箭铳炮，经过调查发现是大同、宣府等地走私商出售。鉴于此时明朝还在严格管控火器制造技术于两京，能合法制造火器的边地卫所少之又少，显然走私商跟明军脱不了关系。于是朱祁镇给当时大同总兵武进伯朱冕和宣府总兵等将官下了一道敕令，让他们今后严厉打击走私行为，若再有发生严惩不贷。正统十年十一月庚寅,明英宗朱祁镇敕大同、宣府总兵等官,武进伯朱冕等曰：“瓦剌使臣多带兵甲、弓矢、铜铳诸物，询其所由,皆大同、宣府一路贪利之徒（明朝对火器有极严格的产地要求及管理规定，明英宗所指贪利之徒是谁不言自明）私与交易者。尔等受朕委任，防闲弛慢，自今其严加禁约，若仍前弛慢，罪亦不宥。”
宣德时期，脱欢对明宣宗非常恭顺，瓦剌部使臣可以在甘宁等处久住，习知中国虚实。正统初，瓦剌太师脱欢率部击败鞑靼阿台汗、朵儿只伯，结束了蒙古内部的分裂局面。正统四年（1439年），也先承袭父位，统领蒙古。脱欢与也先都十分重视与明廷的朝贡往来，随着蒙古内部的相对稳定，明蒙朝贡体制也进入了前所未有的繁荣期。明廷对于蒙古使团始终本着“薄来厚往”的政策。首先，赏赐物品价值要远远超出贡品的价值。一般明廷对来朝者按其人数及地位给赏。如赐王或太师一人十五表里，其妻每口八表里，一等头目八表里，二等六表里，三等五表里，四等四表里，外有加赐。蒙古使团返程时，明廷也会以礼相送，启程前享用朝廷的赐宴，回程一路差官伴送，沿途备办饭食，凡所经过，茶饭管待。明廷这种“薄来厚往”的回赐政策对蒙古使团的吸引是很大的，很多蒙古使团为了得到更的赏赐，成倍的扩大使团人数。如正统四年（1439年）正月明廷对蒙古诸多贵族给予赏赐后，十月，脱脱不花再次遣阿都赤来朝，这次的使团人数由过去常见的几百人猛增到千余人，明廷依然按例给赏。明廷对蒙古使团人数不加限制，凡来朝者必有赏赐，这对某些蒙古头目的贪欲是一种刺激，也为后来也先使团谎报人数埋下伏笔。
宣德十年（1435年），明宣宗驾崩，皇太子朱祁镇即位，即明英宗。随着“一夫跳梁”“文宗罪人”的三杨去世，三杨歌功颂德，粉饰现实的弊端开始突显，“自仁宗不勤远略,宣宗承之。”经过明宣宗巡逻的罢边主和的政策施行，导致了明军异域情报功能的失灵。明军从此没有了洪武永乐两朝捕获精准的有源头的异域情报数据的能力，在只有垃圾信息的情况中却要强行分析时势，结果只能是双方接战时战败。当时明英宗集团按照收到的情报分析推演，理论上明朝军队前方的预定水源地作为长城以内的地区是不应该存在敌人的骑兵。整个部队是一个倒梯形阵形，目的是防备后面的9万瓦剌军追上来攻击背后，明英宗集团谁能想到，锦衣卫及夜不收竟然没有捕捉到前面（也就是归途的大门口上）居然有3万瓦剌军已经按口袋阵蹲守伏击至少半个月。搞明白瓦剌军不是背后一支，而是前后两只，土木堡之变的问题就迎刃而解了。但长期史书上都不提伏击的那3万（一说两万）瓦剌伏马。
加上明廷的主要视线在南方麓川及再下南洋，朱祁镇在正统三年（亦集乃之战）、正统六年（丰州之战）、正统九年（以克列苏之战）所发动的三次大规模北伐的主将，除了杨、石等人外大多投入南征队伍之中。明正统十一年（1446年）冬天，也先攻打兀良哈，派遣使臣抵达明朝边镇大同乞粮，并且请求会见守备太监郭敬。朱祁镇敕令郭敬不要接见也先，也不要给他粮食。明正统十二年（1447年），也先再次致书明朝宣府守将杨洪。杨洪奏报朝廷之后，朱祁镇要他礼遇瓦剌使臣。面对瓦剌的蠢蠢欲动，明朝北方的祸乱已近在眼前，但是英宗君臣视而不见，却发动了对麓川的第四次征讨。正统十三年（1448年）三月，思机发再次掠夺孟养，明朝屡次谕令仍不从。英宗复命靖远伯王骥提督军务，都督宫聚为总兵，张軏、田礼为左右副总兵，方瑛、张锐为左右参将，率南京、云南、湖广、四川、贵州土汉军十三万讨伐麓川。明朝征伐麓川，明朝调动了大量人力物力，战争造成了重大的人员伤亡，连年征战，仍未彻底平息叛乱，最终以盟约形式结束；期间连续发动数十万人的进攻，致使大军疲惫、国库亏空，对北面蒙古瓦剌的防御空虚。郭琰的下番海船造完后沿海又出现大规模民变，后因张昭反对再下西洋逐罢。
也先通过在明朝居住的瓦剌使臣及明庭内部高中低层内奸，大明边防虚实动静皆已知晓，进攻时间节点选的非常合适。其中就有达官赛因不花、四朝元老御监郭敬的家人把伯、义州卫军士王文、李让、施带儿、小田儿、加失领真、大同指挥李让幼女为也先弟大同王儿妇，也先许以知院，又密受也先赏马四匹，被虏妇女二口。将各城指挥姓名尽报与也先。跛儿干，本归降蒙古人，任御马监少监。明庭给事宫禁数十年，及土木之败即助虏反攻射内使黎定，既又为虏使来有所需索，明朝命执而诛之。正统十四年十月二日御马监少监跛儿干伏诛。根据《历代符牌图录》记载，南西伯利亚出土的腰牌属于明朝的御马监。御马监是统领禁军的，是属于武职，由于御马监十分重要，其腰牌也十分重要，无腰牌者一律重罪，擅自把腰牌借给别人者借者和借予者同罪，所以明朝内部出现了内奸。《明英宗实录》：“跛儿干及土木之败，即助虏反攻，射内使黎定。”《北使录》记载:“也先人马四围，大战，大军倒戈，自相蹂践。”这两条记载明确表示了当时明军的确有大军叛乱，前者更是点名跛儿干发动了叛乱。跛儿干可是御马监的人，这也是为什么瓦剌每次都能洞悉明军的去向，且为什么大军一触即溃的原因。也先又重金贿赂明英宗的翻译官员马云、马青，探听明廷的虚实，提出与明廷皇室通婚的要求，因为也先欲与黄金家族比高，所以想为儿子求娶明朝公主夸耀蒙古群雄之中，明朝达官千户马云（这人在明史研究中极重要，曾任明英宗下西洋和番指挥、撒马儿罕公使）、马青、吴良等私下许诺，并说还要送也先美女。但因明朝重开大宋天的意识形态的关系，明朝翻译官马云、马青事后未敢将此事奏报明廷。后也先贡使至称：“此聘礼也（供马为迎娶明朝公主聘礼），”明廷答复：“诏无许姻意（没有许婚这回事）”。也先以为通婚成功，方才遣使贡马作为聘礼，结果大失颜面。事后也先以明朝刁难贡使并撕毁婚约及随意克减岁赐为由，集结军队出兵大举进攻明朝边境，对内则称要明朝予他大都。
明正统十四年（1449年）二月，瓦剌太师也先遣使2000余人贡马，诈称3000人，向明朝中央邀赏，由于宦官王振不肯多给赏赐，按实际人数给赏，并减去马价五分之四，没能满足他们的要求，就制造衅端。遂于这年七月，统率各部，分四路大举向内地骚扰。东路，由脱脱不花与兀良哈部攻辽东；西路，派别将进攻甘州（甘肃张掖）；中路为进攻的重点，又分为两支，一支由阿剌知院所统率，直攻宣府围赤城，另一支由也先亲率进攻大同。也先进攻大同的一路，“兵锋甚锐，大同兵失利，塞外城堡，所至陷没”。大同参将吴浩战死于猫儿庄。明遣驸马都尉井源等四将各率兵万人御敌。
当时明英宗宠信宦官王振。张太皇太后病逝，元老三杨或死或贬，王振更加擅作威福，无所忌惮，竟盗走明太祖朱元璋所立禁内臣干预朝政所立之铁碑。从此，大权独揽，广植私党，使其侄王山为锦衣卫指挥，王林为锦衣卫佥事，其党羽个个升官进禄，飞黄腾达。他又排斥异己，陷害忠良。
大同前线的败报不断传到北京，明英宗朱祁镇在王振的煽惑与挟持下，准备亲征。兵部尚书邝埜和侍郎于谦“力言六师不宜轻出”，吏部尚书王直率群臣上疏劝谏，但明英宗偏信王振，一意孤行，执意亲征。
正统十四年（1449年）7月16日，英宗命其弟郕王朱祁钰留守北京，然后和王振带领约25万大军（号称50万）从北京出发。英国公张辅、成国公朱勇、兵部尚书邝埜、户部尚书王佐、内阁学士曹鼐、张益等文武百官护驾从征。
由于组织不当，一切军政事务皆由王振专断，即使是成国公朱勇在王振面前也要膝行而前；户部尚书王佐请皇帝回军，王振就命其跪在草丛里，直到天黑才能起来。随征的文武大臣却不使参预军政事务，军内自相惊乱。
正统十四年（1449年）七月十九日，英宗出居庸关，过怀来，至宣府。正统十四年（1449年）八月一日，明军进到大同。未交锋，镇守太监郭敬报告也先为诱明军深入，主动北撤，王振看到瓦剌军北撤，仍坚持北进，后闻前方惨败，则惊慌撤退。本欲使英宗于退兵时经过其家乡蔚州“驾幸其第”，显示威风；又怕大军损坏他的田园庄稼，故行军路线屡变，导致士兵疲惫不堪。至宣府，瓦剌大队追兵追袭而来，明军3万骑兵被“杀掠殆尽”。正统十四年（1449年）八月十三日，明军狼狈逃到土木堡，而瓦剌军紧追不舍。
兵部尚书邝埜一再要求驰入居庸关以保证安全，但王振不准。土木堡地势高，无泉缺水，土木堡之南十五里处有河，被瓦剌军占据，将士饥渴难耐，挖井二丈仍无水。隔日瓦剌军队包围土木堡。也先遣使诈和，并主动撤离，以麻痹明军。
明英宗不疑有诈，遣曹鼐起草诏书。王振下令移营就水，当明军大军移动时，饥渴难忍的军士一哄而起，奔向河边，乱成一团。瓦剌军伏兵四起，趁机发动总攻，仓促应战的明军被打得大败。明军二十余万人有三分之一战死，中伤居半。太师英国公张辅，泰宁侯陈赢，驸马都督井源，平乡伯陈怀，襄城伯李珍，遂安伯陈埙，修武伯沈荣，都督梁成、王贵，户部尚书王佐，兵部尚书邝埜，吏部左侍郎兼翰林院学士曹鼐，刑部右侍郎丁铉，工部右侍郎主永和，都察院右副都御史邓栗，翰林院侍读学士张益，通政司左通政龚全安，太常寺少卿黄养正、戴庆祖、王一居，太仆寺少卿刘容，尚宝少卿凌铸，给事中包良佐、姚铣、鲍辉，中书舍人俞拱、潘澄、钱禺，监察御史张洪、黄裳、魏贞、夏诚、申祐、尹竑、童存德、孙庆、林祥凤，郎中齐汪、冯学明，员外郎王健、程思温、程式、逯端，主事俞鉴、张塘、郑瑄、大理寺副马豫，行人司正尹昌，行人罗如墉，钦天监夏官正刘信，序班李恭、石玉这五十二名跟随明英宗远征的群臣皆死于混战中。明英宗的护卫将军樊忠愤怒至极，抡起铁锤砸碎了王振的脑袋。（但据明英宗自己的回忆王振也是被瓦剌军杀死的）樊忠不久亦战死。只有大理寺右寺丞萧维桢、礼部左侍郎杨善、文选郎中李贤等数人侥幸逃出。明英宗看到突围无望，索性跳下马来，面向南方，盘膝而坐，等待就缚。
不一会儿，瓦刺兵冲上来，一个士兵上前要剥取明英宗的衣甲，一看他的衣甲与众不同，心知不是一般人物，便推拥着他去见也先之弟赛刊王，赛刊王在问明英宗时，明英宗反问道：“你是谁？是也先，还是伯颜帖木儿，或者是赛刊王。”赛刊王感到明英宗说话的口气很大，立即报告也先，也先立即去向他请安行君臣礼，献上各种野味美食。卫拉特还缴获马匹二十万头及无数衣甲器械辎重。
政治
土木之变致使明英宗被俘；四朝老臣张辅、驸马井源、兵部尚书邝埜、户部尚书王佐、侍郎丁铭、王永和以及内阁成员曹鼎、张益等五十余名随行出征的文官武将战死；财产损失不计其数；明成祖朱棣留下的五十万大军全军覆没，最为精锐的三大营部队亦随之毁于一旦，军火武器研发亦被大大阻碍；京城的门户亦已洞开；明英宗复位后更是杀了以于谦为首等众多权臣，导致明朝军政在土木之变之后第二次断层。
随着开国武人勋贵集团和靖难功臣集团在土木堡之变被消灭殆尽，皇帝只能通过内廷的宦官来制衡文官集团以贯彻自己的意志和整个国家的意志，文武大臣和君主离心离德，国势日蹙。
明英宗南归后，以及皇储问题，景泰、天顺年间，明朝皇权斗争愈发激烈，朝臣为了保护自身利益，左右摇摆、嫁祸诬陷，斗争也更加残酷。
此期间的内阁也并未发挥出它的作用。正统前期政归内阁，三杨为轴，制度也渐趋完善，但无法阻止自身实际作用的逐渐下降。土木事变发生前后，内阁作为与皇帝最为亲密的辅政机构，未能发挥出其应有的作用，既未阻止先期的王振擅权，在后期的北京保卫战和景泰、天顺的风云交替中也毫无建树，表现十分羸弱，于军国大事退避三舍。这段时期，内阁只能尴尬地任由宦官专政，或被皇帝轻视而任用于谦，倾心委政，以至朝臣不满，上书称于谦太过专权，请求六部大事须与内阁一同奏报施行，或是任由石亨、曹吉祥等奸佞决定摆布。
军事
土木堡之变后，明朝精锐军队损失殆尽，这必然会引起相关的政策、制度的重大变化，突出表现在边防形势和军事制度的改变上。尽管有景泰帝的改革，但也达不到明朝顶峰时的状态。边防政策由积极进攻转变为被动防守，最终形成了著名的九边防御体系。军事制度上则是募兵制的兴起。
土木之变是明军不战自溃。北京围城不下，则蒙古内部矛盾也起了重要作用。不久，蒙古各部终于兵戎相见，脱脱不花汗败亡。也先称帝，但他无法解决造成封建割据的经济的和政治的矛盾，而为人又心胸狭窄，荒于酒色，终于兵败被杀。
也有大批的蒙古人不愿在漠北过艰苦日子，借此机会转而投靠明朝，定居北京及北直隶各地。一些内地的汉人由于痛恨明朝暴政而投降也先，去了蒙古高原。
1449年9月1日的土木之变，是明朝中央军队第一次发生的一场失败战役。除了军事指挥错误的直接原因外，与长期以来明朝北方边防被破坏有密切关系，是北方边防废弛的必然结果。而朝中的士大夫为防止明朝重蹈北宋灭亡覆辙起到了重要的作用。
李实：中国人民多如草芥，土木失利，出于不意，未可以为常理。有盛有衰，有隆有替。把秃：亦非我每勇力，乃天的气候。杨善：太平日久，将卒相安，况此行只是扈从随驾，初无号令对敌。因四方无虞，只修营寺宇而已，何曾操习？被尔虏兵陡然冲突，如何不走？”李贤：“自古胡人得中国之利未有盛于此举者，胡人亦自谓出于望外，况乘舆为其所获，其偶然哉？”
