中普陀寺位于洞头县本岛，规划占地400亩，规划建筑面积5万平方米，它是在原有寺院“洞灵寺”的基础上扩建而成的观音道场。与千年古刹相比，尽管只有短短10年，但几乎每个到过这里的人都会被它的快速发展和宏伟规模所折服。
当年除了修建戒坛，同时开工建设的还有财神殿和妈祖殿。佛殿里面为什么有财神殿和妈祖殿？芳振法师说，财神其实是佛教专属的，从行政级别讲它是比较低的，属于天王殿里面，毗沙门天王门下主管财富的副将。“级别虽低，但老百姓对他的需求很大啊。”
而妈祖不是海神吗？怎么佛教寺院怎么会建妈祖呢？芳振法师称，其实是信众其对渊源不了解。其实妈祖的身份是佛教徒，从福建莆田地方志记载，妈祖姓林名默，俗称林默娘。妈祖出生吃素不吃荤，她跟母亲一起念观音经，拜观音菩萨。从小熏陶成乐善好施的品质。传说她很多事情能够无师自通，包括采草药，给老百姓治疗各种疾病。
妈祖死后，受过恩惠的人建庙供养她，由于显圣的事情很多，慢慢惊动了朝廷，从宋元明清数代开始，朝廷对其加封从天妃一直封到天后，此后更是不断加封，名号加到50多个字之多。
芳振法师说，如果从佛教观世音菩萨32应身里面角度来说，可以说妈祖是观世音菩萨的化身，民俗将妈祖当神来祭拜，用猪羊来供养，这种做法其实不大妥当。因为妈祖有生之年已断杀生，长期吃素，但那里的人们反而用这些牺牲去祭祀她，从某种角度来讲，这是一种亵渎。“从地位上面来讲，我们给予她护法神的位置，从传统上面来讲，跟佛教教理不相违背的，是相通的。满足当地其他信徒的要求，同时也不违背佛教的教理教义。“做到佛教里的皆大欢喜，也体现佛教的包容。”
早在“洞灵寺”时，这里只有一座小得不能再小的佛殿，寺务处旁边一座同样破旧，但有着两百余年历史的神庙，佛殿前面则是高耸且冒着黑烟的大烟囱以及砖厂。整个佛殿周围，满山的坟墓使人一走进顿时升起一股荒凉之感。
由于砖厂前面就是广阔的滩涂，每当海水涨潮，这里必将淹没。如果要去“洞灵寺”，必须要翻山而下才能到达。除此之外，这座岛屿的交通极不便利，由于当时还未修建跨海大桥，因此岛民出行、货物运输全靠轮船解决，而且即便是去离岛最近的温州城区，坐快艇也得70分钟左右。若是遇上台风或者大风天气，几天无法出岛，也是家常便饭。
除了环境外，这里几乎没有正宗的佛教寺院，更别说专门的观音道场，而且已经建起来的寺院或神庙，大多都是岛民自发修建的，由于资金等问题绝大多数规模很小。
此外，一些信众虽然有信仰，但分不清道教和佛教。用当地人的话说，“看到什么拜什么。”
中普陀寺就是在这样的环境里开始发展起来的。
据信众回忆，当时他们非常希望找到一位好师傅去建寺弘法，将正宗的佛教带到洞头。而当得知在潮州开元寺任监院的芳振法师表示愿意过去看看时，他们几乎兴奋地睡不着觉。当即找到芳振法师请求他过去看看。
由于担心这里环境太差，芳振法师不愿留下来，跟随芳振法师视察位置的信众一个劲地说“前面还可以再盖一座殿，房子还可以修得再漂亮一些。”但等见到开元寺的辉煌和宏伟后，这些信众都以为芳振法师不会过来了。
其实，环境多差，芳振法师并不在意，因为他发现这里是块建观音道场的宝地。法师说，他决定过来原因有三：一是，当时洞头信众排队迎着海风迎接自己的场景，让他感到这里的民风淳朴；二是，这里的政府比较热情，而且开明；三是，这里地处南北普陀寺的中心地带，加上风水格局上乘，加以改造将如同“华严经”里观音住所普陀洛伽一样。
于是，一场翻天覆地的变化在原有的“洞灵寺”的基础上展开了。
1999年，还未辞完身上职务的芳振法师先来到当地为天王殿举行了奠基仪式，气势宏伟的天王殿次年全部完工。2001年，数层高的斋堂开始建设，日后这里成为法师休息和办公的场所，同时也是当年芳振法师闭关的修行之所。
芳振法师说，当时闭关时，斋堂还未完全建好，几乎是“毛坯房”的样子。之所以急着闭关，主要是考虑到未来中普陀寺一旦大规模建设起来，已经繁忙的他可能更加繁忙，所以得趁着年轻，杂事还少的时候。
4年的闭关生活，整个中普陀寺的建设暂时停顿，直到2004年，芳振法师出关。那一年，芳振法师出关后的第一件事，就是修建圆通殿，这也意味着中普陀寺的建设重新开始。经过一年的建设，圆通殿成功建成。按照信众的说法，当时中普陀寺每天都有新变化，而这种变化总能带给她们一些惊喜。
很快，麻烦开始找上了芳振法师。2005年，芳振法师决定拆除“洞灵寺”的老殿，用于建成戒坛。这一举动，让当时曾经参加过建设老殿的居士不理解，认为把他们的心血给拆掉了，甚至跑到政府、佛协去上访，去反映。
不过，这些都没有动摇芳振法师的信心。他明白，老殿无论从规模、风格等都与之前的建筑格格不入，要想达到和谐、统一，就必须拆除。“看准了就去做，不要顾虑太多，做该做的事情，到最后大家都会明白，都会理解。”芳振法师说。而事实上也正是如此。当老殿被拆原址，一座呈四方形且庄重而大气的戒坛矗立起来的时候，那些极力反对、声称再也不来寺院的居士们，又重新找到了法师，说攒了一些钱，想帮助法师建寺。
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