旃檀林，又称旃檀禅林，位于九华街西南，背倚“琵琶形”山丘，始建于清康熙年间。据传初建时，僧人伐寺后琵琶形山丘上古树，见其木质坚硬，纹络纤细，酷具异香，喻之为佛家珍品―旃檀树，谓琵琶形山丘与佛经记述的南印度牛头山（以盛产旃檀树闻名）相似，因以名寺为“旃檀林”。如今的旃檀林是十九世纪末期重建的规模宏大的寺庙，是全国重点寺院。旃檀禅林的芙蓉峰下还有殿堂，九华山第十一尊佛教不败金身——明净和尚，就供奉在这里。
旃檀林为砖木结构，由4座厅堂式民居和宫殿式大雄宝殿组合而成。东为僧房、斋房、敞厅堂，3层楼阁，有内落水小天井。西为云水堂，敞厅4开间，2层楼，小天井。僧房和云水堂之间为前厅，内用板壁隔成弥勒殿和韦驮殿，进深20.5米。殿两侧是两层楼阁。厅前有狭长形封闭院落，石板铺面，后为四落水天井。大殿西侧是花厅，两层楼，有花院，名“山中天”。寺内梁栋、门窗、佛完雕刻精美，藏有匾额、碑刻、法器、供器、瓷器、木器等文物。
大悲宝殿坐南朝北、宫殿式，重檐翘角，琉璃歇山顶，殿长、宽、高各19米，环廊长25米，建筑总面积1104平方米。内供四面千手观音菩萨樟木雕像，高9.19米（莲座、莲台3米，菩萨像6.19米）。东西两旁供陀罗尼八十四像，后方供三十二应身、禅宗6位祖师像。
大愿宝殿坐南朝北、宫殿式、重檐歇山顶，殿长、宽、高各19米，环廊长28米，建筑总面积1340平方米。内供四面金身的地藏铜像，9.9米高。四维供120尊地藏菩萨坐像（金身铜像），高1.4米。
大雄宝殿位于大悲、大愿两殿北侧，占地近千平方米。坐南朝北，宫殿式，脊高30米、长44米、宽32米，建筑面积1660平方米（地上面积729平方米，地下室面积931平方米）。殿内供华严三圣铜像，高14.8米（底座1.8米）。佛像背壁是巨幅海岛群雕。殿内两旁供十八罗汉塑像，高9米。
老大殿占地350平方米。九莲院建筑面积7500余平方米，床位200多张。另附属斋堂、客房等设施。
旃檀林始建于清康熙年间，旃檀林为化城寺72寮房之一。
道光时寺尚存，咸丰年间兵毁。
光绪十二年（1886）定禅和尚募化重建。
民国初年住持福星扩修，居士易国干赠额“福慧双修”。继任住持镇安扩建殿宇，安单接众。
1958一1977年为九华山佛教大队驻所。
1978一1985年为九华山佛教协会驻所。
1982年，九华山管理处重修殿宇，建筑面积2849平方米。
1994年，在旃檀林老大殿旧址东南侧建成大悲宝殿。
1999年，又在旃檀林老大殿旧址西南侧建成大愿宝殿。
1998年，老大殿按原貌移建于大愿宝殿西南侧芙蓉峰麓。
2007年，在西南角新建九莲院。
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