“南山新雨后，海侧青崖舟。燎烟结古寺，石塔鸣钟楼。浪回金沙岸，潮起馥雪鸥。月阑日光屿，总是琉璃洲。”据传，这是明代文学家沈環在江苏通州南山寺游历时的散作。虽是寥寥数语，却留下了400多年前南山寺的大致轮廓。始建于明代的通州南山寺，滨江临海，位于古来盛产海盐水产、丰饶
富庶的通州主城区金沙，至今已有600多年的历史。南山寺所处金沙本名古沙，南唐徐复治海陵盐政时，见亭户以卤煎盐， 感喟而叹日:“此金也。 因海盐是当时财赋的主要源泉，北宋初年即有金沙亭之设，后改为金沙场。南山本为沙洲石垒高丘，初无寺庙。至宋元兵连祸结，有佚名僧人至此避乱，始建一小庙，人称僧公庙(或谐为孙公庙、申公庙)。因金沙地处荒僻，竞无人识得庙内所供奉的法像，问于僧公，只称药师。于是，此地居民或有疑症，都到僧公庙祝祷求医，屡得感应，满其所愿，声名遂远。另据地方志籍所载，有一年，明孝昭太后突发急症，沉疴数月而不见好转。一天，夜梦神灵现身，光焰炽盛，传语太后:“金泽东方，沙隐琉璃，附日而出，藉药为尊。”明宜宗闻言，召集百官阶前议事，众议纷纷，都认为与太后的病有关，综合起来就是治太后的病要去东方海边的某个产盐的地方。宜宗就派专使按照群臣商议的结果，向东寻找。最后找到通州金沙盐场，南山附近供奉药师佛的僧公庙，与神灵传托梦颇为吻合。得知消息的太后因病不能亲临，遂命宫女载以凤冠，代其前往。地方州府在僭公庙旁边兴建寓所，焚香斋戒，祝祷礼拜。不出半月，太后凤体好转。宣宗龙颜大喜，为感佛恩，即命內务府督造药师佛像供孝昭太后礼敬，又命州府重建僧公庙，更名为南山寺，下旨敕封为“药师佛道场”。今存有木梁，上刻“敕造药师佛道场”。一时声普隆望，虽处远僻，但能来者，无论权臣走俗，都纷纷求佛礼事。南山寺遂承东方药师之净土，法化群萌，乐以济生。民国二十三年(1934年)，有莲宗十三祖印光法师披照金沙，南山寺更得法益开弘。后华夏蒙难，南山寺在兵荒之中毁之殆尽，寺众流离，仅存二殿，后作道观，即是南山五帝观，现为通州区文物保护单位。
前尘隔海，古迹飘零。 如今的南山寺，是在地方政府地大力支持下，集社会各界地鼎力相助，于2006年易地扩建后的新寺。新建成的南山寺按丛林式寺院设计，主体建筑沿中、东、西轴线布局，中轴线上依次为影照壁、天王殿、大雄宝殿、放生池，东轴线上依饮为钟楼、财神殿
通州塔、观音殿、药师殿，西轴线上依次为帝释殿、地藏殿、翠微楼等建筑。寺院建筑基本保持着明代风格。主殿巍峨，配殿环绕，庑殿歇山式屋顶、明丽的琉璃瓦脊、古朴的彩画装饰，显示出寺院的庄严宏伟。殿身宽厚、台基廓大，主次分明，升降有致。各殿大木结构，斗拱形制，构造精巧，复杂多变，五踩单翅，出檐深远，屋顶吻兽小跑，山花部分采用砖封砌法，整个建筑群既典雅庄重又庄严浑厚，给人以强烈的节奏感和鲜明的流动美。
南山寺以药师佛为尊，以琉璃净士为宗，力倡东方药师佛琉璃净土法门，朝唱行持，暮思恒守。秉持“人间佛教”的理念，依止 《药师琉璃光如来本愿功德经》中“一闻其名号，众病悉除，身心安乐，资生具足，乃至菩提”的宏愿，多次举行药师法会，明经之义谛，循世之和谐，大力弘扬现生利益，兼容并收各家之优长，气象日昌，山门大有中兴之势。其影响广及长三角乃至海外四众弟子，咸皆景仰。中国佛教协会会长传印法师欣然题词“药师佛道场，咫尺东天，东方琉璃世界”，并要求南山寺重点打造药师佛道场，坚持人间佛教思想，弘扬药师佛文化，利益群生。
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