2004年6月23日,Naver Webtoon成立,最初是作为韩国主流搜索引擎NAVER的门户网站中的一个版块存在,且以提供出版漫画的阅读服务为主,但是2006年左右网络漫画逐渐成为主流,同年《心灵的声音》开始连载,此漫画日后成为了Naver Webtoon的中流砥柱。
2008年10月,Naver Webtoon进行整合、引入新的网站UI,并邀请多位漫画家以接力漫画的形式创作了纪念漫画。
2010年以后,随着其他竞争对手相继关停或者停滞不前,Naver Webtoon逐步确立在韩国网络漫画平台的地位。
2014年7月,向海外拓展业务,此后以Line Webtoon的形式相继开启英文、中文、泰文、印尼文的海外服务,于2019年4月更名为WEBTOON。
2016年11月,以XOY的形式进入日本市场,此服务于2019年1月和Line Manga合并。
2017年5月10日,NAVER正式设立内容公司NAVER WEBTOON,单独负责网络漫画相关事业的开发运营,并在2020年将除中国分部以外的海内外公司全部重组并归于NAVER WEBTOON名下。该公司于2020年5月与Webtoon Entertainment Korea 合并,并将总部迁至美国洛杉矶。
截止2021年10月,Naver Webtoon已通过海外战略布局将旗下韩国漫画翻译成8种语言提供给全世界范围内的海外读者。