1989年，参加全国少年乒乓球赛和亚洲少年乒乓球赛，均夺得男子单打冠军。
1991年，拿下全国乒乓球锦标赛男子团体冠军，并调入国家乒乓球一队。
1994年1月，参加第二届世界乒乓球青年锦标赛，获得男单、男团两项冠军。
1994年9月，在第十二届亚洲乒乓球锦标赛获得男单项目冠军、混双冠军，男团项目中，帮助中国队夺冠，实现个人“三冠王”。10月，参加日本广岛亚运会，获得男子团体冠军、混双冠军。
1995年5月，参加第43届世乒赛，帮助中国队夺得男子团体冠军，男单项目中夺冠，职业生涯第一次捧起世界冠军奖杯。
1995年10月，参加在法国举办的乒乓球世界杯，夺得男单冠军。
1996年7月，参加第26届奥运会，乒乓球男双决赛中，夺得冠军，收获个人首枚奥运金牌。同年，还获得首届国际乒联职业巡回赛男单冠军和亚洲乒乓球锦标赛男单、男双冠军。
1997年4月，参加第44届世界乒乓球锦标赛，获得男团冠军、混双亚军和男双冠军。同年，还获得国际乒联总决赛男单冠军。
1998年，参加第十三届曼谷亚运会乒乓球比赛，夺得男团冠军、男双冠军。
1999年，拿下第45届世乒赛男双冠军和亚洲12强赛冠军，在国际乒联总决赛中，获得男双冠军、男单亚军。
2000年9月，参加悉尼奥运会，在男单项目中获得金牌，并完成男单世界冠军“大满贯”伟业。
2001年，参加第46届世乒赛，获得男团冠军，男单、男双亚军。
2004年，在第47届世乒赛中获得男团冠军。
2005年，参加第48届世乒赛，收获男双冠军。
2006年，宣布退役。
2006年10月，参加国家队乒乓球一队教练员述职，正式开启教练员生涯。
2007年1月，正式分管郭跃和刘诗雯，成为4名选手的主管教练。在女团项目中，弟子郭跃与张怡宁和王楠一起，拿到奥运女团冠军。
2013年2月，出任女队主教练。并赢得上任后首个世界冠军。
2014年，带领中国女队取得24战全胜的战绩，拿到团体世锦赛冠军，并获得2014年国际乒联年度最佳教练提名。
2016年，里约奥运会，带领中国女队获得乒乓球女子团体冠军，女单项目上，丁宁战胜李晓霞获得冠军，中国队包揽金、银牌。
2000年，悉尼奥运会男子单打冠军。
2000年，悉尼奥运会男子双打亚军。
1996年，亚特兰大奥运会男子双打冠军。
2005年，第48届世乒赛男子双打冠军。
2003年，第47届世乒赛男子双打亚军。
2001年，第46届世乒赛男子单打亚军。
2001年，第46届世乒赛男子双打亚军。
2001年，第46届世乒赛男子团体冠军。
2000年，第45届世乒赛男子团体亚军。
1999年，第45届世乒赛男子双打冠军。
1997年，第44届世乒赛男子团体冠军。
1997年，第44届世乒赛男子双打冠军。
1997年，第44届世乒赛混双亚军。
1995年，第43届世乒赛男子团体冠军。
1995年，第43届世乒赛男子单打冠军。
2002年，第23届男子世界杯男子单打亚军。
1997年，第18届男子世界杯男子单打亚军。
1995年，第16届男子世界杯男子单打冠军。
他非常固执，好的地方就是追求执着，对事业很执着。但他固执的另一面，是一般的东西，他不太容易接受。我们有时候也很头疼，有时候心里在骂街，恨不得，怎么这么不开窍？（中国乒乓球队总教练蔡振华评）
我感觉他人比较固执，就是他认准的一样东西，你很难去改变他。（中国乒乓球男队主教练刘国梁评）
孔令辉的退役意味着一个时代的结束，不过退得太早了些，很惋惜啊。（前国家队总教练许绍发评）
辉哥是一个非常成功的乒乓球运动员，我希望他早点娶妻生子，在以后的事业上，同样成为一个成功的男人。（中国男子乒乓球运动员王皓评）
他平时是一个能扛，能沉得住气，心里很有想法的人。（中国男子乒乓球运动员刘国正评）
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