学院创建于1947年8月，前身为中央工委青年干部训练班。70多年来，先后经历了张家口军委工程学校、北京电子专科学校、北京电子科技学院等发展时期。2003年，学院与西安电子科技大学开展联合培养学术型硕士研究生。2011年，学院独立开展硕士专业学位研究生培养试点工作。2018年，学院获批硕士学位授予单位，同年，学院与中国科学技术大学、北京邮电大学联合开展博士研究生教育。2021年，学院获批博士学位授予单位。
截至2019年9月，学院现有4个系和2个教学部：密码科学与技术系、网络空间安全系、电子与通信工程系、密码保密管理系、思想政治理论教学研究部和人文社会科学教学研究部。下设8个本科专业：信息安全、密码科学与技术、电子信息工程、计算机科学与技术、通信工程、网络空间安全、保密管理和行政管理。学院现有1个网络空间安全一级学科博士学位授权点和3个硕士学位授权点:网络空间安全、电子信息、公共管理（MPA），其中电子信息专业学位授权点包括新一代电子信息技术(含量子技术等)、通信工程(含宽带网络、移动通信等)、计算机技术等3个领域。同时，与中国科学技术大学、北京邮电大学联合培养网络空间安全学术型博士，与西安电子科技大学继续联合培养信息与通信工程、计算机科学与技术学术型硕士。
1947年8月，北京电子科技学院的前身——中央工委青年训练班在河北省平山县西柏坡成立。并先后更名为南京机要学校、北京机要学校、宣化机要学校。
1981年，经国务院批准成立北京电子专科学校，校址设在小汤山。
1983年下半年，迁至半壁店，并正式对外公开招收大专生。
1948年，中央机关文化补习学校创建。毛泽东担任名誉校长，刘少奇担任第一任校长。
1954年，中央机关文化补习学校更名为中南海机关业余学校。后因故停办。
1978年，十一届三中全会后，由胡耀邦同志倡议恢复学校。
1981年，学校正式恢复。
1983年，中南海机关业余学校升格为中南海业余大学。
1988年，中南海业余大学参与合并组建首都联合职工大学。
1993年，首都联合职工大学（原中南海业余大学部分）改建为中南海业余大学。中央办公厅决定将中南海业余大学并入北京电子科技学院，与之合署办公。
1992年，经国家教委批准，在北京电子专科学校的基础上，建立北京电子科技学院，开始招收本科生，并增设函授教育。江泽民同志还为学院题写了校名。
1999年2月，学校迁至丰台新校园。
2003年，教育部批准学院与西安电子科技大学开展联合培养密码学硕士学位研究生工作。
2004年，开始与西安电子科技大学联合招收全国统考硕士学位研究生；开始为西北六省区和新疆生产建设兵团开办定向专科班。
2011年1月19日，学院与西安电子科技大学签订了增补专业联合培养硕士学位研究生协议，联合培养学术性研究生学科在单一的密码学基础上增加通信与信息系统、计算机应用技术学科。10月17日通过了“服务国家特殊需求人才培养项目”试点工作审核，获准在“电子与通信工程”、“计算机技术”两个工程领域开展硕士专业学位研究生教育工作。
2012年，入选国家级大学生创新创业训练计划高校。
2018年3月，学校入选教育部国家级新工科研究与实践项目。
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