耿纯，冀州钜鹿郡宋子县傅家庄（今河北邢台市新河县新河镇护驾村）人。东汉开国将领，新朝济平尹耿艾之子。
耿纯早年就学于长安，授官为纳言士。王莽败亡后，更始帝即位，使舞阳王李轶向各郡国招降。耿纯父亲耿艾投降，回去任济南太守。当时李轶兄弟掌权，独断行于一方，宾客游说的很多。耿纯连续多次求见不得通报，过了很久才得见。因而对李轶说：“大王以龙虎之雄姿，逢风云之际会，迅速拔地而起，一月之间兄弟称王，但士民们并不知道你有什么德行，你也没有对百姓宣扬有什么功劳，恩宠与官位暴兴，这是聪明人所忌讳的。兢兢业业警惕自持，还恐怕没有好下场，何况是骤然暴发而自足，难道可以成功吗？”李轶很奇异，而且以耿纯是巨鹿的大姓，就以帝旨拜耿纯为骑都尉，授以符节，令他安集赵郡。
更始元年（23），刘玄称帝后，派遣刘秀领少数兵马前往邯郸，耿纯即往谒见，刘秀高兴地接待了他。耿纯退，看到官属们统帅军队的法度与别的将领不同，就要求自行结交采纳，贡献马匹及缣帛数百匹。刘秀北上到中山，留耿纯在邯郸。邯郸算命先生出身的王郎冒充汉成帝子刘子舆自立为王，很快控制了河北大部郡县。刘秀自蓟州向东南奔驰时，耿纯与从弟耿、耿宿、耿植共同率领宗族宾客二千余人，老者病者都载棺木相随，迎刘秀于育县。拜耿纯为前将军，封耿乡侯，耿䜣、耿宿、耿植都拜为偏将军，使他们与耿纯居前队，降下宋子县，又跟从攻下曲阳及中山。
这时很多郡国都向邯郸投降，耿纯惟恐宗室心怀二心，就使耿、耿宿回去把宗室的庐舍都烧掉。刘秀问耿纯为什么这样做，耿纯说：“我看到明公单车来到河北，并无府藏之积蓄，可为重赏之甘饵，可以聚集众人的，只不过以恩德为怀，是以士众乐于归附。现在邯郸自立尊号，北州疑惑，我虽举族归命于明公，老弱同行，还害怕宗人宾客不同心的人，所以烧其庐舍，以绝其反顾的希望。”刘秀叹息。
到达鄗城（今河北柏乡），刘秀止于旅舍，鄗成大姓苏公造反，打开城门放王郎将领李恽入内。耿纯最先发觉，率兵与李恽激战，大破并斩了李恽。跟从刘秀平定邯郸，又破铜马。
这时赤眉、青犊、上江、大彤、铁胫、五幡十多万部众都在射犬，刘秀引兵准备进击。耿纯军在前，离众营数里，贼忽然乘夜攻耿纯，箭矢如雨点射进营中，士卒多有死伤。耿纯勒令部众，坚守不动。选出敢死队二千人，都手持强弩，各著三矢，令他们轻骑潜行，绕入贼兵背后，齐声呼叫，强弩并发，贼众惊走，耿纯追击，大破贼兵。
耿纯派遣快马去禀报刘秀。第二天一早刘秀与诸将都到营，慰劳耿纯说：“昨夜很困吗?”耿纯说：“仰赖明公威德，幸而得到安全。”刘秀说：“大兵不可夜间行动，所以没有相救。军营进退没有常规，你的宗族不可全居军中哩。”就以耿纯同族人耿及为蒲吾长，令耿纯将亲属都住在蒲吾县。
刘秀势力逐渐扩大后，诸将劝他称帝，刘秀不允。在南平棘（今赵县），耿纯进言说：“大家丢弃亲戚乡里，跟随大王奔走战斗，就是为了攀龙鳞、附凤翼。成功得志。现在功业成就，天人相应，而大王不听大家的劝告，及时正位，我恐怕大家失望，各自离散，大众一散，就难以复合了！”听了耿纯的一番话，很快，刘秀登基称帝，年号建武，封耿纯为高阳侯。
建武元年（25），耿纯率军击刘永于济阴，攻下定陶。起初，耿纯跟从攻击王郎，坠马肩部折伤，时常肩伤病发，于是回到怀宫。帝问：“你兄弟谁可以使?”耿纯推举从弟耿植，于是使耿植率耿纯军马，耿纯还是以前将军职务相从。
这时真定王刘扬又造作谶记说“：赤九之后，瘿扬为主。”刘扬有瘿病，想惑乱群众，与绵曼贼相往来。
建武二年（26）春，刘秀派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征召刘扬，刘扬关闭城门，不让陈副等进城。于是再派遣耿纯持符节，颁行赦令于幽州、冀州，所过之处并使其慰劳王侯。秘密命令耿纯说：“刘扬如果见你，你就把他收捕起来。”耿纯带领吏士百余骑与陈副、邓隆相会于元氏，同到真定，在旅舍住下。刘扬称有病不肯谒见，以耿纯是真定宗室姊妹之子，就派遣使者送书信给耿纯，准备与他相见。耿纯回报说“：我奉使见王侯牧守，不得先去见你，你如要晤面，应到馆舍。”这时刘扬弟临邑侯刘让及从兄刘细各拥兵万余人，刘扬自恃兵多势强而耿纯意在安静，就带着官属去见他，兄弟各带轻兵在门外。刘扬进去见到耿纯，耿纯以礼相敬，因而请刘让、刘细都进屋内，于是关门把刘扬兄弟全部杀了，再带兵而出。真定震惊恐怖，没有人敢异动。帝怜悯刘扬、刘让阴谋尚未发动，就封了他们的儿子，恢复了他们的故国。
耿纯回到京师，因而请求说：“臣本是官吏家子孙，有幸逢大汉复兴，圣主即位，我备位列将，被爵为通侯。现在天下略已平定，臣无处施展才志，愿意试治一个郡，尽力报效。”帝笑着说：“你既治武事，又想修文治吗?”就拜耿纯为东郡太守。当时东郡还没有平定，耿纯视事数月，盗贼都清静安宁了。
建武四年（28），诏令耿纯率兵击更始东平太守范荆，范荆投降。又进击太山、济南及平原贼，都平定了。居东郡四年，这时发干县长有罪，耿纯案奏，将县长围守，奏没有下来，发干县长自杀了。耿纯被牵连免职，以列侯奉朝请。跟从攻击董宪，路过东郡，百姓老小数千人跟着刘秀车驾流泪哭泣，说“愿再得耿君。”帝对公卿们说“：耿纯从小身披甲胄为军吏罢了，作为东郡太守竟然能这样为百姓所思念吗?”
建武六年（30），定封为东光侯。耿纯告辞就国，帝说：“文帝对周勃说过，丞相是我所敬重的，你现在为我率诸侯到封国去’，现在也是这样啊。”耿纯接受诏命而去。到了邺城，赐谷万斛。到了封国，耿纯吊唁死者慰问病人，民众很敬爱他。
建武八年（32），东郡、济阴盗贼群起，帝派遣大司空李通、横野大将军王常去讨伐。帝以耿纯在卫国之地有很高的威信，遣使拜耿纯为太中大夫，让他与大军会于东郡。东郡听说耿纯到了，盗贼九千余人都到耿纯处投降，大军不战而回。玺书再以耿纯为东郡太守，官吏百姓都心悦诚服。
建武十三年（37），卒于官，谥号成侯。
《后汉书·卷二十一·列传第十一》有传。《太平御览》、《东观汉记》、《资治通鉴》均有事迹记载。
《后汉书》：“任、邳识几，严城解扉。委佗还旅，二守焉依。”
徐钧：“行兵不与众人同，已决英雄一见中。举族同心能效顺，得君何惮不成功。”
汉明帝永平年间，汉明帝追忆当年随从刘秀打下东汉江山的功臣宿将，命绘二十八位功臣的画像于洛阳南宫的云台，耿纯名列第十三。
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