在礼崩乐坏，群雄逐鹿的春秋末年，面临亡国之祸的秦国于列强环伺之下，崛起于铁血竞争的群雄列强之林。从秦孝公开始，筚路蓝缕、彻底变革、崇尚法制、统一政令，历一百六十余年六代领袖坚定不移地努力追求，才完成了一场伟大的帝国革命，扫六合而一统天下，建立起一个强大统一的帝国。
全书共分为六部《黑色裂变》《国命纵横》《金戈铁马》《阳谋春秋》《铁血文明》《帝国烽烟》。这部鸿篇巨著还原了巨大的历史落差与戏剧性的帝国命运，再现了一个国家一步步实现自己梦想的悲壮历程。书中每一行每一页都充满着智慧方略、阳谋政治的风骨，奋发惕励、强势生存的精神，充满着来自中国原生文明时代的英雄风骨与本色灵魂。
第一部黑色裂变
主要写秦国由弱变强的崛起历史，并穿插回顾秦早期历史与六国历史；中心事件是商鞅变法，中心人物是商鞅、秦孝公与战国初期的一批伟人名士。截止于车裂商鞅；以旧贵族复辟势力抬头、秦国命运重新陷入危机为结构悬念，引出第二部。（更多详细内容请参看“同名电视剧《大秦帝国》第一部”的“故事梗概”）
第二部国命纵横
是秦国东出与六国纵横争雄史。以商地民众按古老习俗厚葬商鞅为序幕，秦惠文王重新与变法势力结盟，铁腕镇压旧贵族叛乱，并整肃朝局，破格起用忠实于新法的年轻官吏，形成了生机勃勃的新一代权力，全力准备东出中原。神秘的鬼谷子门下又有两位刚学成的新一代名士出山，苏秦、张仪的名字已经悄悄传到了秦国的公府。
春日，洛阳王城郊外的苏氏别庄来了一位客人，张仪风尘仆仆从安邑赶来，拜访同窗七年、情同手足的师兄苏秦。双杰聚酒评点天下，各谋大国，并约定：苏秦谋秦，张仪谋魏、齐、楚，相互援手，共担艰危。在苏秦兴冲冲准备入秦，向父亲辞行的时候，一生经商的老父只给了他一句话：母国为根，理根为先。苏秦知道，这是老父要他在出山前向天下昭示气节。他改变初衷，先入衰败破落的洛阳王宫去见周显王。周显王赐苏秦一辆王车，让他去游说战国，为周人争光。苏秦与一位美丽神秘的宫廷女官燕姬一见钟情。对献给魏王的霸业对策已成竹在胸的张仪求见魏王，适逢路过大梁的孟子作客王宫，张仪舌战孟子，惹恼魏王，游说受挫。苏秦离周后再入秦，张仪先游齐再说楚，均遭受重大挫折而一时铩羽。
七国乱象大混战，秦国新军连续大胜，对山东六国构成强大威胁。苏秦忍辱苦修三年，洞察天下大势，重新入世提出合纵抗秦大战略，在已成为燕国王后燕姬的帮助下，被燕文公封为武信君。从燕国突破，成功游说六国结盟，被任为六国丞相，与战国四公子合力组成六国联军，对秦国形成强大压力。秦国危难觅贤，巧妙运动已经对破解合纵成竹在胸的张仪入秦为相。张仪提出连横大战略，主持秦国与山东六国展开了纵横大争。并赢得了秦国公主、执掌秘密机构“黑冰台”的嬴华和侍女绯云两个奇女子的爱情。
楚怀王头脑简单且刚愎自用。任用昭睢一群旧世族。宠幸贪财纵欲的王妃郑袖，排斥主张变法强国的大夫屈原。任命无能的子兰为合纵联军主帅。六国联军攻秦，几经较量，六国终因根基不稳内讧多出而频频失利，合纵宣告失败。苏秦为避祸回到燕国。战争中伤亡最重的是楚国，楚王恼羞成怒，归罪于张仪。遂重新起用屈原掌握兵权，发誓向秦国复仇。春申君立即北上燕国，请苏秦入楚，准备发动第二次合纵。
刚刚经过大战的秦国遣国书使割地求和。谁知楚怀王看了拍案大叫：不要割地，只要张仪！正当秦国准备举国一战之时，刚从燕国出使归来的张仪却自请入楚。邦交如战场，张仪与嬴华冷静周旋于楚国，终于化险为夷。刚刚恢复了大司马职务的屈原从楚国变法与合纵的利益出发，派兵暗杀张仪未遂，却险些造成张仪与苏秦这两个生死朋友间的误会。在秦国的离间下，屈原再次被贬斥，壮心酷烈的屈原私自调集八万楚国新军，在楚国屈氏家族的支持下，贸然与秦军决战。兵败，全军覆没。回到燕国的苏秦险被野心家子之卷入阴谋泥沼，遂离燕入齐。几经周折终于在齐推开全面变法。神秘退隐的燕姬也历尽艰难追随苏秦潜入齐国，两人终获团圆。
正当张仪游说六国，成功推行连横亲秦战略的关键之时，秦惠王身患不明原因的“暮疯症”，张仪入齐寻求方士，恰遇苏秦被旧贵族买凶杀害，两兄弟生死相别。安葬苏秦后悲痛而归，秦国内政已经发生了奇怪变化；狂暴太子与长史甘茂结谋排斥异己，上将军司马错被迫卸职隐退，张仪为免遭罢黜而径自挂冠离秦退隐江湖。尚武狂秦武王率领大军欲图东灭雒阳，将秦国再度推向危险的境地……
第三部金戈铁马
以秦军东进，雒阳周天子君臣惊慌迎接为序幕。连续展开两场冲突：一为秦军东进开道的宜阳之战，千夫长白起崭露头角；二为秦武王进军雒阳，举鼎暴死。
白起奉秦武王遗诏，率一千铁骑从阴山北上秘密进入燕国，克难克险，设计迎回在燕国做人质的少年王子稷；甘茂与魏冉、白起等将士结盟，合力粉碎公子离的夺位政变，拥立公子稷（秦昭王）继位；燕国主政大臣乐毅说服燕昭王结好秦国，送回公子稷生母芈八子（宣太后）；芈八子拨乱反正廓清朝局，破格起用族弟魏冉为丞相，亲自摄政稳定秦国。
号称“东海青蛟”的齐闵王欲图霸天下，鼓动山东六国连兵六十万先机灭秦。秦国危难关头，宣太后一力破格起用白起为将，鏊兵中原，大破六国联军。燕国密谋攻齐复仇，白起统兵趁机再度东出，冬季大举进攻河内，拔魏韩城三十余座，秦设河内郡。鲁仲连为保全齐国，南下楚国寻求结盟抗秦。白起水陆并进奇袭楚国，夺夷陵，攻陷郢都，楚国被迫北迁，秦设南郡，一举成为战国超强霸主。燕国秘密联结五国，组成以名将乐毅为统帅的联军大举攻齐，齐军连败，暴虐的齐闵王被乱民活剐！联军攻陷临淄，五国回兵，燕军独占齐国全境，惟余即墨、莒城两城坚守。名将田单即墨抗燕六年，终用火牛阵大破燕军恢复齐国，齐燕一齐衰落。
其后魏冉贪功，不顾白起反对，派秦军大将胡伤率军十万攻赵，被赵奢第一次击败，宣太后谢罪自裁，秦国君臣猛醒。赵国崛起的内幕揭开，赵武灵王强国变法的传奇故事“胡服骑射”一一展现，秦国与赵国开始了长期认真地斡旋；饱受奸佞陷害的名士范雎入秦，助秦昭王罢黜魏冉，襄助秦昭王亲政，提出“远交近攻”大战略，秦国形成新的合力；赵国与韩魏合谋，接受韩国飞地上党，欲居高临下压制秦国，引起秦国警觉，秘密制定与赵国决战上党，历时三年的“长平之战”层层展开，赵国全部精锐五十余万一战覆灭。战后秦昭王进入晚年，逼白起自杀，范雎心怀忧惧，更难者在于太子孱弱多病且无嫡子，诸王子皆平庸无能，连选贤另立的可能都很渺茫，秦国王室第一次陷入了后继无人的危机状态，从而引出第四部。
第四部阳谋春秋
第四部是秦国连续度过三次交接危机的惊险低谷史。以蔡泽入秦路遇相学名家唐举预言命运拉开序幕，故事迭次展开：蔡泽错以急流勇退的自保之道说范雎，反遭范雎蔑视，唐举密见老友，介绍蔡泽的计然富国才能，范雎上书举荐蔡泽为相，决然辞官隐退，与鲁仲连路途相遇一起南下游历；鲁仲连领引范雎在陈城结识吕不韦，引出吕不韦的商旅人生；吕不韦北上邯郸，巧遇秦国人质王孙异人而雄心大动，最终决意弃商从政，吕氏传奇由此展开。
吕不韦以雄厚资财入咸阳周旋，使王孙异人成为太子嫡子；赵国平原君警觉人质逃走率军追杀，吕不韦得百名义士血战掩护，方与异人归秦。秦昭王病逝，老太子柱（秦孝文王）继位一年又病逝，异人（秦庄襄王）继位，任用吕不韦为丞相推行新政；庄襄王在位三年病逝，此前已经迎回的十三岁少子赵政继位，吕不韦以“相邦”、“仲父”身份与太后共同摄政；期间吕不韦两次主持交接大局、稳定朝野、拓展国土，声望大增，但与太后赵姬之暧昧纠葛却惹来王族元老非议；吕不韦以非常手段解脱自己，使胡人嫪毐与赵姬私通，赵姬以摄政太后权力封嫪毐为长信侯，专权淫乱宫闱，蓄谋政变夺位，酿成秦国历史上的最大丑闻。
少年秦始皇与吕不韦联合，一举铲除嫪毐叛乱势力，贬黜太后回赵国原籍；秦始皇二十一岁亲政，吕不韦为消弭秦国法制的峻猛重刑，召集门客作《吕氏春秋》确立杂家治国方略；个性强悍的秦始皇坚持商鞅法制，与吕不韦政见严重对立；吕不韦决意公布《吕氏春秋》，欲以朝野公议决定治国方略；秦王政面临巨大压力，与青年李斯、王翦、蒙恬等新锐势力结成护法同盟，图谋对抗吕不韦集团，秦国又一次面临转折危机，引出第五部。
第五部铁血文明
第五部是故事容量最饱满的一部，也是全书最高潮。
以吕不韦于咸阳四门张挂《吕氏春秋》，公然悬赏改一字赐千金拉开序幕，李斯、蒙恬与吕不韦门客城下论战，公开驳斥《吕氏春秋》，引发朝野大论争；秦王政以“坏法乱政，蛊惑国人”之罪罢黜吕不韦，吕不韦被迫自杀于雒阳。
此后正式拉开帝国创建大幕，展开四大阶段故事：第一阶段整肃军政，超拔新锐，一大批年轻将领与主政大臣形成新生代势力，同时大力建设秦国腹地的水利工程郑国渠，使秦川成天府之国；第二阶段展开统一中国的连绵大战，展开六国逐一灭亡的故事；第三阶段 ，统一架构华夏文明体系，发动彻底驱赶匈奴的阴山大战，建立万里长城与其他大型工程；第四阶段秦始皇嬴政巡视天下，积劳成疾而依赖方士奇术救治，深感人生苦短，遂生求仙长生之心，第六次巡视时突然病重，死于巡狩途中（沙丘）。秦国出现巨大的权力真空，野心与阴谋蠢蠢欲动，引出第六部。
第六部帝国烽烟
秦始皇骤然客死沙丘拉开序幕，赵高、胡亥密谋政变，总领国政的功勋丞相李斯被利诱挟持加入密谋，终使人才济济久经锤炼的秦帝国最高层权力发生巨大分裂。
其后扶苏被逼自杀，掌握军权的蒙氏兄弟被害，胡亥称帝，赵高领政，秦帝国权力倏忽发生质变。二世集团残杀帝国功臣元勋，铲除皇室异己势力，推行一系列暴虐昏政，大大激化了秦始皇时期潜藏的各种社会矛盾。
其后陈胜与吴广大起义爆发，六国旧贵族趁势而起，形成天下反秦的燎原之势。帝国对农民军作战胜利，但对以六国旧贵族为根基的反秦势力却反攻失败。随后刘邦与项羽皆进入咸阳，风雨飘摇的帝国宫廷再次政变，胡亥赵高集团一朝覆灭；恢复秦王称号的子婴投降，秦帝国政权终结。项羽大军将帝国财货掳掠净尽，而后大火焚烧咸阳宫三月不灭，整个关中成为八百里废墟，大秦帝国骤然灰飞烟灭。
对于《大秦帝国》的创作初衷，孙皓晖认为在中国文明史上有两点在很长时间内被大众误读。首先是秦帝国，秦帝国为中国后来的统一奠定了深厚的基础，功劳最大，但从西周到现在，秦国一直被很多人认为是“暴秦”、“暴政”，秦始皇作为“暴君”的形象深入人心。但是，孙皓晖认为那是因为大家不了解这段历史。第二个重大的误读是对儒家的评价，从春秋到战国时代，中国的思想体系一直表现出多元化的发展，这种多元化的思想体系一直延续到秦帝国时代。可是，随着时代的变迁，逐渐形成了独尊儒术的状态。《大秦帝国》作者孙皓晖表示自己有责任也有义务纠正被误读的这两点，让客观事实全面而正面地呈现在大众面前。对于作品用小说这种文学形式，作者表示之所以《大秦帝国》用小说的方式写，不是企图逃避历史学家的批评，而恰恰是愿意把他自己所认定的历史框架呈现给历史学家。《大秦帝国》是想激起读者对战国精神与战国性格的重新思索，对“大争精神”和“阳谋”风格的重新审视，对中国文明正源和秦帝国千秋功罪的重新评说。
大秦帝国》当代著名教授孙皓晖创作的第一部大型文学作品。分为六部 ：《黑色裂变》、 《国命纵横》、《金戈铁马》、《阳谋春秋》、 《铁血文明》、《帝国烽烟》。全新修订版由北京世纪文景出版机构出版。
