1532年，中秀才，展现过人才华，但随后三次乡试不第，遂弃文从医。
1535年，随父学医，医术逐渐精进。
1551年，因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王朱英裣聘为王府的“奉祠正”，兼管良医所事务。
1552年，着手开始编写《本草纲目》，以《证类本草》为蓝本，参考了800多部书籍，其间，从1565年起，多次离家外出考察，足迹遍及湖广、江西、直隶许多名山大川，弄清了许多疑难问题。
1556年，又被推荐到太医院工作。授“太医院判”职务。三年后，又被推荐上京任太医院判。任职一年，便辞职回乡。
1558年，从太医院还乡后创立的堂号，辞官返乡后坐堂行医，致力于对药物的考察研究，在此期间，以自己的字——东璧为堂号，创立了东璧堂。
1578年，完成《本草纲目》初稿。
1596年，逝世后的第三年，《本草纲目》在金陵（今南京）正式刊行。
《本草纲目》《奇经八脉考》《濒湖脉学》
李时珍临证，推崇张元素，重辨病证，立法严谨，用药得当。治疗时，或化裁古方，或自组新方，或用民间单验方，多有良效。李时珍的学术思想和研究方法很有特色，他在新的历史条件下，以自己的实践经验为基础，改善了古代科学方法，积累了科学研究的新经验。李时珍成功地运用了观察和实验、比较和分类、分析和综合、批判继承和历史考证方法。
①观察和试验是本草药研究的基本方法。李时珍对药物采用亲自采集、仔细观察，以得其真的方法，获得很大成功。分类是科学研究的重要任务，分类使药物研究体系化，关键还是如何确立分类的标准。李时珍打破本草学沿用已久的上中下三品分类法，建立了三界十六部分类法，使分类体系更为科学化。此外，他还在陶弘景主治药分类法基础上，建立了更完善的百病主治药分类法，创立了药物归经分类法。
②李时珍为弄清每味药物，提出释名、集解、辨疑、正误、修治、气味、主治、发明、附方八项任务，这八项不是每味药全有，有的五项、六项不等。实际上是对每味药既作出系统分析，又进行了全面综合，而在分析基础上，又作了高度概括和综合。
③批判继承和调查研究是李时珍研究的重要方法。他研究每味药，总是先参考诸家本草，考核诸家异同，用自己观察试验结果，加以参证：《本草经》中只载枸杞之名，未言明药用部位；《名医别录》指出根大寒，子微寒；《药性论》谓枸杞甘平、子、叶皆同，《本草衍义》说枸杞是梗皮，李时珍说：“窃谓枸杞：苗、叶，味苦甘而气凉；根，味淡气寒；子，味甘气平，气味既殊，则功用当别。此后人发前人未到之处也”。李时珍经过研究，在批判继承的基础上，推陈出新，“发前人未到之处”，这种精神，贯穿于他的全部研究活动中。
④李时珍躬亲实践，广泛向劳动人民学习，注意调查研究，是他又一重要研究方法。莶一药，众说纷坛，有谓似酸浆，有说为苍耳，有曰即地菘；李时珍经过广泛征询，聚诸草谛视，得出莶即猪膏母之确论，他从京师还，见车夫用旋复花治跌打损伤，遂肯定其益气续筋，补劳损之功。邻家小儿食积，偶取羊食之，归而大吐愈，李时珍因此首载此品种入本草。他从猎户口中知虎骨强志壮神之功能；从菜农处明确芸苔即油菜，从工人处学得防止采矿中毒之法，山人、渔翁、农夫、皮匠、猎户，都是他的老师，使他从调查研究中获益非浅。
⑤历史考证方法是李时珍常用的科学方法。通过文献考柬，《本草纲目》中记载了来自天竺、大食、南洋、胡人、蕃人及由梵文、佛经中得到的医药知识。经过历史考证，指出“按《本经》胡麻亦名巨胜，《抱朴子》云，巨胜一名胡麻，以黄麻于及大藜子伪为胡麻，误而又误矣，不可不辨”。
李时珍主张人定胜天，通过以上研究方法取得的成果，使他更加坚定了这一信念，认为药性不是固定的，可用人工方法改造其自然性能。药性下沉者，用酒引之使其升；升浮者以咸寒药引之使降，李时珍昭示迷信神仙说之误，批判服食飞升举之谬，服金银，为赖水谷血肉之躯所不堪，“求仙而丧生，可谓愚也矣”。居住水中，步履水上，是邪说；服食成仙“误食之罪，通乎天下”，药物“治病可也，服食不可也”。
明代著名文学家王世贞《本草纲目·序》：性理之精蕴，格物之通典，帝王之秘籍，臣民之重宝。
《四库全书总目提要》称之为《神农本草经》：集本草者无过于此。
英国著名生物学家达尔文（《本草纲目》）：中国古代百科全书。
英国著名中国科技史专家李约瑟在《中国科学技术史》中写道：16世纪中国有两大天然药物学著作，一是世纪初的《本草品汇精要》，一是世纪末的《本草纲目》，两者都非常伟大。
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