台北医学大学原名台北医学院，创立于1960年6月1日，是医学专家暨热心医药教育人士胡水旺先生与徐千田先生等所捐资创设。创校之初，校地尽是一片荒芜水田，教学与研究资源匮乏，四十八年来，在历届校长的努力下，从创校之三学系二专科，扩展为现有医学院、口腔医学院、药学院、护理学院、公共卫生暨营养学院五个学院，十三学系及十三研究所之规模。自从2000年改名台北医学大学以来，便一直以成为国际一流医学大学为目标，持续努力。
在教学方面，作为一所都会型医学专业大学，台北医学大学的教育理念，在于教导学生医学专业知识之外，同时重视博雅教育，回归以人为本的教学。在这样的理念上，自2006年起，连续三年获得教育部教学卓越计划补助，获得肯定。为落实该校结合医学科技与人文教育的理想，深化人文与通识教育，学校以专业教育通识化、通识教育专业化为两大主轴，持续贯彻教学品质与绩效的目标。
在研究方面，顶尖研究是国际一流大学不可或缺之一环，台北医学大学过去几年来，研究水准已有长足的进步。为持续朝向世界前五百大顶尖大学，学校顺应国际趋势，极力争取大型及整合型研究计划，延揽国内外杰出人才及其团队，提高研究奖励，并建立与国际一流研究单位合作关系。
在医疗方面，随着教学研究的成长，该校医疗体系也日渐茁壮。台北医学大学拥有附设医院、万芳医院、双和医院，三所附属医院，近三千床之规模，是为台北地区医学院校最大之医疗体系。台北医学大学统合学校及三附属医院的资源，在见、实习与临床技能训练上，具有完整的设备与空间，更以服务邻近社区，保障国人健康为职志。
洪奇昌：民主进步党立法委员
林益世：国民党立法委员
侯文咏：麻醉医师、知名作家
张洪量：牙医系毕业，流行音乐歌手、制作人
隆中隐：知名中国音乐教育者
陈以生：牙医系学士、口研所硕士，流行音乐歌手
陈子忠：医技系学士、中港台医疗管理人员
李良雄：台北荣民总医院院长
1958年，创办人胡水旺先生、徐千田先生筹设北医。
1960年，北医创立，当时有医学系、牙医学系及药学系三系。
1963年，成立护理助产专修科，招收五专生。
1965年，成立医事技术专修科，招收五专生。
1975年，医事技术专修科改制为医事技术学系。
1976年，设立台北医学大学附设医院。
1977年，护理助产专修科改制为护理学系。
1979年，成立保健营养学系。
1989年，成立公共卫生学系。
1989年，成立天然物医学研究所。
1990年，胡俊弘先生接任校长，成立医学研究所。
1992年，成立口腔复健医学研究所。
1993年，口腔复健医学研究所改名为牙医学研究所。天然物医学研究所改名为医学研究所。
1994年，成立细胞及分子生物研究所。领先全国各校成立「医学资讯暨电子计算机中心」。
1995年，成立保健营养学研究所硕士班。护理学研究所硕士班。
1996年，接收台北市政府委托经营市立万芳医院。
1997年，成立医务管理学系。
1998年，成立生物医学技术研究所、医学资讯研究所。
1999年，成立生药技术学系，是台湾第一个中药相关学系。由当时药学院院长杨玲玲教授所创立,但由於药师全联会的反对,迫使2007年停止招生。
2000年，改名「台北医学大学」，成立医务管理研究所、生物医学材料研究所。
2001年，成立呼吸治疗学系、口腔卫生学系。
2002年，成立药理学研究所、口腔科学研究所、保健营养研究所博士班。
2003年，通过卫生署甄选，筹建双和医院，并成立医学人文研究所。
2004年，成立神经科学研究所。
2006年，口腔科学研究所与生医材料研究所合并，改名为生医材料暨工程研究所。护理学研究所博士班成立、医事技术学系改名为医学检验暨生物技术学系。
2007年，成立牙体技术学系、老人护理暨管理学系。由原先的医学研究所基础组、细胞及分子生物研究所、医学检验暨生物技术学系硕士班、药理学研究所及神经科学研究所五所整合为医学科学研究所。
2008年，附属医院-双和医院於7月1日开始营运、邱文达教授接任校长
2009年，医务管理学系并入公共卫生暨营养学院，开始招收硕士班国际学生。
2010年，成立医学科技学院、人文暨社会科学院。
2011年，荣获QS亚洲顶尖大学前百大。连续六年获教育部补助近4亿元。
2011年，邱文达校长荣陞卫生署署长，阎云教授接任北医第九任校长。
2013年，老人护理暨管理学系更名为高龄健康管理学系。
2014年，药学系分设药学组、临床药学组。
2015年，成立管理学院，并将公共卫生暨营养学院中的「医务管理学系（学士班、硕士班、硕士在职专班）」整并至管理学院。
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