南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006年南阳市委市政府对南阳医学教育资源进行整合，将张仲景国医大学、南阳中医药学校连并入南阳医学高等专科学校，形成了中医日渐厚重、中西医并举、医药护技齐全的办学格局。截至2018年10月，学校占地1316亩，校舍建筑面积51.42万平方米；教学科研仪器设备总值1.33亿元；图书馆总藏书量175万册，其中纸质图书123万册，电子图书52万册，中外文期刊1300余种。学校内设20个党政群团机构，14个教学系(部、院)，6个教辅机构。开设有临床医学、护理、中医学、药学等20个专业，并与美国卡姆登学院、美国哈森大学、菲律宾伊密里欧学院、日本大阪滋庆学园联合举办护理、药学、口腔医学等8个涉外专业。
1951年9月，河南省护理员培训学校南阳分校成立。
1952年，学校遂更名为“河南省立南阳医士学校”。
1958年秋，经河南省政府批准学校升格为“南阳医学专科学校”。
1964年秋，更名为“南阳卫生职业学校”。
1969年9月、1970年2月，先后与南阳县中医药学校、郑州卫校合并，后更名为“南阳地区卫生学校”。
1978年，学校更名为“河南省南阳卫生学校”。
2004年，经教育部批准，学校再次升格为“南阳医学高等专科学校”。
2006年，南阳市委市政府为集中力量办好仲景故里的医学教育，对南阳原张仲景国医大（南阳理工学院国医国药系）、中医药学校、南阳市一职专的医学教育资源进行了统一整合。
2008年，在教育部人才培养水平评估中被评为优秀等次。
2013年，又顺利通过第二轮人才培养工作评估，22项评估指标全部获优。
2014年，被评为“河南省职业教育品牌示范学校”。
2015年，南阳市“十三五规划”明确指出支持南阳医学高等专科学校升为本科高校。
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