齐齐哈尔工程学院始建于1991年，经历了齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院、黑龙江东亚大学（自考助学）、齐齐哈尔职业学院等发展阶段。2011年，学校经教育部批准升格为普通本科高校，成为齐齐哈尔市第一所市属大学。学校已发展成为以工学为主，管理学、医学、文学、艺术学、农学等学科适度发展的全日制民办本科院校。
截至2022年4月，学校总占地面积86.7万平方米，建筑面积23万余平方米，其中教学行政用房14万余平方米，生活用房9万余平方米；校内建有本科实验场所114个；教学科研仪器设备总值6023.02万元；馆藏纸质图书87.73万册，电子图书37.4万册；室内、外运动场地总面积5万余平方米；校园环境优美，文化氛围浓厚。
学校以地方经济社会发展需求为导向，不断优化专业布局，设有机电工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、健康与护理系、思政教学部、基础部、学生发展中心、继续教育部共9个二级教学单位；开设20个本科专业和2个专科专业。
1958年，齐齐哈尔第一机床厂重型机床制造学院成立，文革前实施六年制（业余）本科和四年制（业余）专科教育，其间易名为齐齐哈尔第一机床厂“七·二一”工人大学。
1979年，齐齐哈尔“七·二一”工人大学更名为齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院。
1984年，齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院通过教育部备案。
1991年3月，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处副处长曹勇安整合社会闲散资源创办民办自考助学院校。
1993年，学校为支持国有企业公司化改造与企业签订经济分离合同，成为中国第一家国企学校与企业分离的典型，易名为黑龙江东亚大学。
1994年，齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院并入黑龙江东亚大学。
2001年，在黑龙江东亚大学基础上成立齐齐哈尔职业学院。
2011年4月，齐齐哈尔职业学院升格为本科院校，更名为齐齐哈尔工程学院。
2013年，学院托管了三亚城市职业学院。
2014年，学院托管了甘南县农村职业教育。
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