《显微镜下的大明》是马伯庸创作的历史类纪实文学，首次出版于2019年1月。
该书是一部纪实文学，作者从明代的一系列罕见民间档案文书里，挖掘出尘封已久的六个故事。六个事件聚焦于一府一县乃至一村之内，记录的是当时底层平民的真实政治生活，通过细节来考察某一个切片，某一个维度。这些都是具体而微的细节，但恰恰从这些“小”中，人们才能真切地见到“大”的意义。它就像是一台显微镜，通过检验一滴血、一个细胞的变化，来判断整个人体的健康程度，最终使读者可从细微处读懂真正的古代中国。
该书讲述的是六个深藏于故纸堆中的明代基层政治事件。内容包括：《学霸必须死——徽州丝绢案始末》《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》《谁动了我的祖庙——杨干院律政风云》《天下透明——大明第一档案库的前世今生》《胥吏的盛宴——彭县小吏舞弊案》《正统年间的四条冤魂》。
《学霸必须死——徽州丝绢案始末》描写的是歙县民众遭遇不公平征税而奋起抗争的旧案。明朝徽州府统辖六县：歙、黟、休宁、婺源、祁门、绩溪。其中，歙县最大，占经济总量一半，且是徽州府所在地。明朝朝廷苛捐杂税本来就重，建国初期朝廷向徽州征派“人丁丝绢”8780匹，本应由六县均摊，却因基层小吏作祟，改换科目由歙县完全承担。歙县百姓在毫不知情的情况下，节衣缩食、平白无故多交了200年杂税。一个人的偶然发现和揭露，使得得知真相后的歙县各色人等与上级官府和其余五县之间，展开了长达数年的周旋博弈，最终演变为暴乱。
《谁动了我的祖庙——杨干院律政风云》讲述了明代徽州人如何巧妙使用司法手段进行反复较量，恶僧如何“强行碰瓷”、巧取豪夺他人祖庙，士绅如何用司法手段维护财产权益的过程。书中通过平民视角，见证了明代司法体系在基层的奥妙运用传奇。
《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》婺源龙脉案讲述了婺源县一条龙脉屡被破坏，“迩来秋闱不振”，科举不振，皆因龙脉风水被破，引发了起窑烧灰与禁绝取石长达上百年的持久拉锯战。
《天下透明——大明第一档案库的前世今生》讲述了明朝从朱元璋建立以来到崇祯自缢煤山，276年的历史中有260多年与这个档案库息息相关。朱元璋为了能够更好地掌管从蒙古人手中接下来的王朝，于洪武四年正式开始了户籍登记和管理工作，历经十年又开始了土地清查，确立了里甲制，配合赋役黄册户籍登记簿册和鱼鳞图册的实施来加强对基层的管理。这个黄册集户籍、土地、徭役于一体，是大明王朝高度集权的一座高山。当时大明都城在南京，这个黄册的保存几经调研最终选在了与外隔绝的玄武湖四个岛上，刀枪不入地守护着大明王朝的六千万子民，而最终消亡于大清入关后的战火之中，成为这个王朝最后的星火。
《胥吏的盛宴——彭县小吏舞弊案》刻画了因一件小的官司，却引来了无数胥吏贪婪定义，胥吏凶悍如虎、生事害人之恶展露无遗。
《正统年间四条冤魂》描写了四个无辜清白百姓，平白蒙受冤屈不说，碰到靠谱官员本可以脱罪归家，却被裹挟入朝廷斗争冤屈而死的故事。
长久以来，历史在人们脑海中的印象，是烛照万里的规律总结，是高屋建瓴的宏大叙事。这虽然是正确的，但视角实在太高了，高到没什么人情味。即使有些讲述者有意放低视角，也只停留在庙堂之上、文武之间，关心的是一小部分精英，再往下记录很少。普通老百姓的喜怒哀乐，社会底层民众的心思想法，往往会被史书忽略。即使提及，也只是诸如“民不聊生”“民怨鼎沸”之类的高度概括，很少会细致入微地描写。
2014年作者和一位喜欢明史的朋友聊天时，她讲到万历年间徽州有一桩民间税案骚乱，引起了作者的兴趣。听完讲述，作者去搜寻了一番资料，发现这桩在《明实录》里只有一句冷冰冰的记录的案件，在民间却有着详实的记录（当时的一位参与者把涉案的一百多件官府文书、信札、布告、奏章、笔记等搜集到一起），并被编纂成了一本合集——《丝绢全书》。如果把《丝绢全书》里的细节加入《明实录》所载内容之中，那么整个事件就能够变得鲜活起来。作者考虑到普通读者对阅读原始史料太过困难，无法自行提炼出故事。遂把这桩丝绢案整理出来，用一种不那么“学术”的方式转述给大众，创作出了《学霸必须死——徽州丝绢案始末》，并发表在其个人微博，引起了广泛关注。因此，作者在写完徽州丝绢案，随后又相继创作了《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》《谁动了我的祖庙——杨干院律政风云》《天下透明——大明第一档案库的前世今生》等几篇纪实。
马伯庸（笔名），原名马力，出生于1980年，满族，内蒙古赤峰人，文学创作一级，中国作家协会第十届全国委员会委员。2004年毕业于新西兰怀卡多大学经管系，2005年开始发表作品，2018年加入中国作家协会。著有长篇小说《长安十二时辰》《两京十五日》《显微镜下的大明》《古董局中局》《长安的荔枝》《大医》等。曾获2010年人民文学散文奖、2011年朱自清散文奖、2020年茅盾新人奖等。
“居庙堂之高则忧其民，处江湖之远则忧其君。”长久以来，鸿篇巨制记载的多是庙堂之上的恢宏大事，或者是文武精英的千古绝唱。而普通老百姓的江湖琐事和他们的喜怒哀乐，则少有关注，更别说细致入微的刻画。《显微镜下的大明》是历史纪实作品，虽非小说却胜似小说。作者从剖析大明六个基层治政案件入手，剖析案情来龙去脉，描绘了六个尘封已久的明朝基层治政故事。
六个故事过程跌宕起伏，细节妙趣横生，结局发人深省。每个案件峰回路转的波折，环环相扣，看得舍不得丢下。看完后，那些似曾相识的情景不断浮现，让人回味无穷。该书仿佛一张完美的速写，将大明王朝的衰落之姿刻画得惟妙惟肖。覆巢之下，焉有完卵？随着大明的倒塌，案件中那些生动的人物以及他们孜孜以求的功名利禄，也都随着大明的终结落了个暗淡无光的结局。
都说以史为镜可以知兴衰，但后人要避免前人犯过的错误也不容易。那些历朝历代普遍存在的积弊，滋生易、去除难，如果不能找到那张关键的骨牌，就难以用轻推的效应实现根本性改变。正应了那句老话：“后人哀之而不鉴之，亦使后人而复哀后人也。”《显微镜下的大明》以冷静克制的零度叙事，替那些生于尘埃、死于无闻的蝼蚁之辈做传，转述他们湮没于宏大历史中的声音，找到了去除基层社会积弊的关键所在：“不可只注目于朝堂，亦要听到最底层的呐喊。在一个个普通人的遭遇中，才蕴藏着最真实的规律。”
2020年1月，亚马逊中国发布的2019年度Kindle阅读榜单中，该书位列“2019亚马逊中国Kindle年度付费电子书新书榜”前三名。
2019年9月，该书中的《笔与灰的抉择——婺源龙脉保卫战》被编入《中华文学选刊》2019年第9期。
2019年6月，由马伯庸创作的非虚构作品《显微镜下的大明》被主持人张腾岳录制为有声书。
2023年2月9日，由马伯庸创作的《显微镜下的大明》六案中的“丝绢案”改编而成的网络剧《显微镜下的大明之丝绢案》播出，该书作者并在该剧中首次担任编剧一职。
书名 ISBN 作者 出版社 出版时间
显微镜下的大明 978-7-5404-8847-5 马伯庸 湖南文艺出版社 2019年1月
