杨文军从小酷爱体育运动，杨文军在读初中的时候就大胆地登上龙舟，并且依靠神奇的臂力一鸣惊人，小小年纪就成了当地有名的桨手。1997年杨文军进入了宜春体校。皮划艇教练员吴朝军看中了杨文军，决定他训练皮划艇。杨文军三次被送回省队，三次又因为成绩进步重新进入国家队。
2002年，杨文军在全国冠军赛中以微弱的优势第一次赢过队友孟关良。同年在釜山亚运会男子C2-1000米中夺得冠军；
2004年8月28日，杨文军搭档孟关良的双人组合在雅典奥运会男子500米划艇决赛中，以1分40秒278的成绩夺冠。这不仅是中国皮划艇项目的第一枚奥运金牌，也是中国水上项目在历届奥运会上所获得的第一枚金牌。根据国家队的安排，奥运之后杨文军开始主攻短距离单人划艇项目。
2005年5月29日杨文军搭档孟关良夺得男子双人划艇500米中夺得银牌和男子双人划艇200米项目金牌；10月22日杨文军在十运会皮划艇男子1000米单人划艇决赛中，以4分03秒471的成绩获得冠军；
2006年8月17日在匈牙利赛格德举行的第35届世界皮划艇锦标赛上，选手杨文军以1分50秒603的成绩取得了单人划艇500米第三名，与冠军差距0.8秒。9月3日，杨文军在世界杯皮划艇赛广州站比赛男子单人划艇1000米比赛中，以微弱差距不敌实力强劲的俄罗斯选手马克西姆，屈居亚军。杨文军还和队友合作，夺得了四人划艇200米的银牌；12月14日在在多哈的礁湖西岸体育中心举行的亚运会男子静水500米单人划艇赛中杨文军以1分55秒009的成绩获得了金牌。
2007年5月21日，在皮划艇世界杯匈牙利塞格德站比赛中杨文军在男子200米单人划艇中获得铜牌,世锦赛，取得一枚铜牌；2007年8月德国世锦赛男子500米单人划艇决赛中，杨文军以1分47秒545的成绩摘得铜牌。并同时夺得北京奥运会参赛资格，与冠军之间的差距也缩小到了0.3秒。
2008年6月7日，杨文军搭档孟关良在皮划艇世界杯匈牙利塞格德站男子双人划艇500米决赛中获得冠军。8月23日，杨文军搭档孟关良在北京奥运会皮划艇静水项目男子双人划艇500米决赛中以1分41秒025的成绩获得冠军。
2009年10月26日上午的男子双人划艇1000米决赛中，中国皮划艇名将、江西队杨文军与搭档张志武夺得第二名，27日，在日照举行的第十一届全国运动会皮划艇静水男子单人划艇500米决赛中，杨文军以1分56秒131的成绩获得冠军 ；继而在双人划艇赛中杨文军与队友仅以0.106秒的差距获得银牌。
2009年，国际奥委会执委会取消男子划艇500米项目，由于参加伦敦奥运会无望再战自己熟悉的项目，伦敦奥运会中男子皮划艇500米的项目被200米所取代，男子双人划艇500米被取消，杨文军和孟关良无缘比赛，在水上奋战了11年的杨文军选择了退役。
2012年底，杨文军决定在全运会复出，并大强度的训练中技术动作；2013年9月，在十二全运会200米单人划艇决赛中，杨文军以39秒423的成绩为江西队摘得了该项目的冠军。
2008年，杨文军就担任了江西省水上运动管理中心副主任。
2013年，杨文军升擢为江西省运动训练后勤服务中心主任（正处级）。
其后，杨文军又担任了江西省水上运动管理中心书记等职。
2018年5月12日，共青团江西省第十六次代表大会闭幕，会议选举杨文军为共青团江西省委兼职副书记
2006年，杨文军捐资11111元修阳泗村委会至阳泗赣如小学的路，还带头修缮村里祠堂，破除封建迷信，添置些琴棋书画，把祠堂建成村里文化娱乐活动中心，增添了更多的文化气息。
获奖时间 奖项名称 获奖结果
2009 第十一届全国运动会男子500米单人划艇冠军 获奖
2008 北京奥运会男子500米双人划艇冠军 获奖
2006 多哈亚运会男子单人划艇500米冠军 获奖
2005 十运会C1-100米金牌 获奖
2005 十运会C1-500米金牌 获奖
2004 雅典奥运会男子双人划艇冠军 获奖
2003 世界锦标赛男子C1-1000米第七 获奖
2002 釜山亚运会男子C2-500米冠军 获奖
2002 釜山亚运会男子C2-1000米冠军 获奖
获奖时间 奖项名称 获奖结果
2009 安踏2008CCTV体坛风云人物年度最佳组合提名奖 获奖
2009 安踏2008CCTV体坛风云人物年度最佳组合奖 获奖
2008 中国十佳劳伦斯冠军奖年度最佳组合奖 获奖
杨文军特别能吃苦，训练非常认真，能准确掌握动作要领。（启蒙教练吴朝军）
杨文军身材不高、块头不大，属于袖珍型选手。但他基本功扎实，技术全面，爆发力强。（网易网评）
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