大连医科大学创建于1947年，前身为关东医学院。1949年并入大连大学，称大连大学医学院。1950年撤销大连大学建制，大连医学院独立。1969年大连医学院举校南迁贵州省遵义市，建立遵义医学院。1978年在大连市原址复办，仍称大连医学院。1994年更名为大连医科大学。2007年搬迁至大连市旅顺口区新校园。学校现已发展成为以医学为主，理学、工学、管理学、艺术学、法学和哲学等多学科发展的医科大学，是辽宁省一流大学重点建设高校。
学校位于辽宁省大连市旅顺南路西段9号，学校现有国家重点学科，国家中医药管理局重点学科，辽宁省一流学科。有博士后科研流动站，博士学位授权一级学科，博士专业学位授权类别；硕士学位授权一级学科，硕士专业学位授权类别。学校是国家首批“卓越医生教育培养计划”项目试点单位，辽宁省第二批转型发展试点高校，是国家级大学生创新创业就业服务基地、辽宁省大学生创新创业实践教育基地、辽宁省技术转移示范机构。
学校现有国家地方联合工程实验室、国家地方联合工程研究中心、国家国际联合研究中心、国家国际科技合作基地。有部级实验室、省重点实验室、省专业技术创新中心、省临床医学研究中心、省工程实验室、省工程研究中心、省高校重大科技平台、省高校重点实验室、省高等学校协同创新中心等省部级科技平台。
学校现有直属附属医院，有国家区域医疗中心、国家临床医学研究中心分中心、国家临床重点专科、省级临床重点专科。肿瘤和心血管两个学科获国家疑难病症诊治能力提升工程项目，附属第一医院获批国家中西医协同“旗舰”医院建设试点项目。附属第一医院、附属第二医院均入选“中国顶级医院100强”，荣获全国“改善医疗服务示范医院”，涌现出“南丁格尔奖获得者”、“中国好医生”、“中国好人”、“全国首批教育世家”、“最美医生”、“杰出护理工作者”等诸多典型。
学校大力推进教育国际化，留学生教育水平位居全国医科类高校前列，是全国首批来华留学示范基地、辽宁省来华留学教育示范高校。获批中国政府奖学金生自主招生资格和教育部“丝绸之路”、“高校研究生”、“中非友谊”奖学金项目，2018年通过全国来华留学教育质量认证。生源累计覆盖五大洲100多个国家；学校积极开展国际交流与合作，与美国班尼迪克大学合作举办了“中美公共卫生硕士中外合作办学项目（MPH）”，与多国高水平大学开展交流合作。
关东医学院
1947年5月4日，创建关东医学院，是中国共产党为适应人民解放战争和新中国建设对医学人才的急需在解放区创办的第一所正规医科高校，大连市立护士学校并入关东医院，更名为关东护士学校。
1949年，关东医学院与大连工学院并入新成立的大连大学，成为大连大学医学院，关东护士学校更名为大连大学附属关东医院附设护士学校。
大连医学院
1950年，大连大学撤销后独立成立大连医学院，正式成为五年制医科高校，大连大学附属关东医院附设护士学校更名为大连医学院附设卫生学校。
1955年，开始研究生教育。
1965年8月，根据三线建设的需要，卫生部决定大连医学院全部南迁。
1965年底，经中央批准，决定南迁贵州省遵义市，成立遵义医学院，大连医学院附设卫生学校停止办学。
1978年，大连医学院在原址复办，恢复研究生招生。
1983年，大连医学院附设卫生学校在原址复办，恢复招生。
1984年，丹东市卫生学校改建大连医学院丹东分院。
大连医科大学
1994年1月，经国家教委批准，学校正式更名为大连医科大学，大连医学院丹东分院更名大连医科大学丹东分校。
1999年7月，经辽宁省计划委员会、教育委员会批准，成立大连医科大学分校。
2000年，大连医科大学丹东分校参与组建丹东职业技术学院。
2001年11月，建立了大连医科大学附属口腔医院。
2003年，大连石化医院并入大连医科大学。
2005年，沈阳铁路局大连医院并入大连医科大学。
2004年3月，经教育部教确认大连医科大学分校为独立设置的大连医科大学中山学院。
2007年8月，学校搬迁至旅顺新校园，新校园位于辽宁省大连市旅顺南路西段9号。
2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。
2011年，大连市友谊医院正式命名为大连医科大学附属大连市友谊医院。12月，大连医科大学附属大连市中心医院正式挂牌。同年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。
2012年9月5日，学校将护理学系和附属卫校合并成立护理学院。
2013年2月，大连市儿童医院正式揭牌成为大连医科大学附属大连市儿童医院。5月，入选中西部高校基础能力建设工程；同月，入选第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。7月，入选教育部首批来华留学示范基地高校。10月，入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担五年制临床医学人才培养模式改革试点。
2017年1月，大连医科大学入选辽宁省一流大学重点建设高校。
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