1963年，马家辉生于香港，是家中独子，在湾仔长大，父亲是报社总编马松柏，自小就熟悉稿纸铺开搦笔作文的场景，身旁围绕着母亲和姐妹，所以也会做一切女生做的事情。少年时候，马家辉上课前在大排档吃早餐，身后就是打打杀杀的黑社会人。
19岁时，马家辉迷上了台湾作家李敖的作品，开始变得沉默寡言。之后离开香港到台湾大学读心理系，第一次见到李敖，并和他成为了忘年交，常住在李敖位于金兰大厦的家中，每天下午去帮忙整理剪报，听李敖笑谈江湖中事。大学二年级时，马家辉出版了《消灭李敖，还是被李敖消灭》，此书成为20世纪80年代台湾青年学子竞相阅读的畅销书。
从台湾大学毕业后，马家辉赴美求学，一边为香港的报纸写专栏，赚取了知名度，也给他带来了实际的收益。
1997年1月，马家辉和妻儿住在台北大直，春节期间高信疆邀请他到香港《明报》任副总编辑，并在报刊开设专栏，开始写时评。
1997年3月23日，马家辉创办了《明报》“世纪”人文副刊，一改之前香港报纸副刊上充斥的“豆腐块”专栏的小格局，刊登名家文章，选题囊括古今中外，视野遍及内地港台，做出了香港报纸里的“大格局”副刊。
之后到香港城市大学中文系及历史学系任助理教授和中国文化中心助理主任，也依然活跃在各种媒体和公开论坛上，专栏开遍两岸三地。又到凤凰卫视、有线电视、香港电台任节目主持，尤其经常出任凤凰卫视的《锵锵三人行》节目嘉宾主持，针砭时弊、分析各种政治文化的问题。
马家辉数风流人物 天地图书 1992
流行学笔记 中国友谊出版公司 1993-03
如何掌握消费者心理 生活·读书·新知三联书店 1993-08
女儿情 次文化堂 1996
心理学小品1爱与不爱之间 世界图书出版公司 2006-06-01
心理学小品2快乐的人愈快乐 世界图书出版公司 2006-07-01
心理学小品3真相不止一个 世界图书出版公司 2006-08
在废墟里看见罗马 天地图书 2006-07
爱恋无声 天窗出版社 2006
江湖有事:目迷·耽美.第1卷
生活.读书.新知三联书店 2008-04-01
爱恋无声:目迷·耽美.第2卷
生活·读书·新知三联书店 2008-04-01
关于岁月的隐秘情事 上海书店 2008-10
死在这里也不错 生活·读书·新知三联书店 2009-04-01
我们·你们·他们 花千树出版有限公司 2009-06-01
明暗：源于影像的微琐物语 中国人民大学出版社 2009-07
日月：源于异域的哀乐心情 中国人民大学出版社 2009-08
爱。江湖 麦田出版社 2009-12-29
文化超现代 香港商务出版社 2000
当眼泪凝固成子弹 明窗出版社 2001
站错边 花千树出版有限公司 2010
回不去了 台湾本事文化 2011-01-28
温柔的路途 山东画报出版社 2011-02
暧昧的瞬间 山东画报出版社 2011-02
爱上几个人渣 时报文化出版企业 2012-07-02
小妹 北京十月文艺出版社 2014-04
大叔 北京十月文艺出版社 2014-04
我们已经走投无路 花千树出版有限公司 2014-07
龙头凤尾 四川文艺出版社 2016-10
好好读书：名家给年轻人的读书课 北京联合出版社 2018
马家辉家里最多的东西就是书，绰号“专业书虫”，（新浪评）是比“李敖更了解李敖”的研究学者。（李敖评）香港文化人的“英雄榜”中鲜有人像马家辉一样，可以港台双栖、经验丰富，是既可在九龙城“方荣记”品尝火锅，听父字辈话说当年，又能够在台湾打弹子，享受“敲杆”之乐，能把侯孝贤和杨德昌的“少年往事”描述得入木三分的香港评论家。（文化学者李欧梵评）他的专栏写作风格犀利、无所不言，人称“贱嘴评论员”。（网易评）
