蔡尚思教授出身于泉州德化的普通农家。少时曾从事农牧劳动。1913年入塾启蒙，后入德化县立第一高等小学校，1921～1925年入福建省立第十二中学（今永春一中），1925～1928年在北京自由听讲，并相继考入孔教大学国学研究科和北京大学国家研究所。1930年代曾入住南京国家图书馆，遍读历代文集。这对他后来一生的成就助益极深。他认为，大图书馆是“太上研究所”。
蔡尚思教授青年时期在北京自由听讲和就学于孔教大学、北京大学期间，曾受业于陈垣、朱希祖、陈大齐、梅光羲、李翊灼、江瀚、陈焕章和王国维、梁启超等学术界名流。到大学任教后，曾向太虚、蒋维乔问佛学，向章太炎问国学，向李石岑问哲学，向柳诒征问文化史，向吕思勉问通史。欧阳予倩、顾颉刚、刘掞藜、陈中凡、嵇文甫、张栗原、范文澜、齐思和、夏康农、黄云眉等给蔡的治学以很大鼓励。其中王国维、梁启超、蔡元培、陈垣、梅光羲、柳诒征、欧阳予倩、顾颉刚、陈中凡、嵇文甫、范文澜、齐思和等为教益最大最深的恩师益友。
蔡尚思成长甚早，20余岁即跨入大学任教。1929～1934年先后任上海大夏大学、复旦大学和武昌华中大学讲师、教授。1935～1942年，同时任沪江、复旦、东吴等大学和无锡国学专修学校教授，光华大学历史系主任。1946～1949年，任沪江大学教授。1949年起，并任上海商务印书馆特约编辑。
1949年上海解放后到1952年，任沪江大学副校长、代校长、教授。1952年，回复旦大学任历史系主任、教授，中共复旦大学党委委员，校务委员会委员，研究生领导小组副组长。1976年粉碎“四人帮”以后，任复旦大学副校长、社会科学学术委员会副主任、研究生部副主任、中国思想文化研究室主任等。他在各大学教授的主要课程有中国学术大纲、中国历代文选、中国思想史、中国政治思想史、中国近代思想史、中国哲学史、儒家哲学、墨子研究、中国经学概论、中国通史、中国政治史、中国社会史、中国教育史，等等。其教学时间最长的是中国思想史、中国通史、中国历代文选三门课程。
蔡尚思在各种学术团体活动中作出了积极贡献。1935年即加入中苏文化协会；1937年，出席中国哲学会第三届年会。1945年，与郭沫若、茅盾、马叙伦、马寅初、陶行知、胡绳、杜国庠、翦伯赞、许涤新、叶圣陶、周建人、郑振铎等24位学术界前辈、名流发起组织全国学术工作者协会上海分会。1946年，与张志让、沈体兰、周予同等4人发起组织上海大教联及文化研究所，任干事与常委，配合解放战争从事政治活动。1940年代末被选为中国社会学会成员。1950年，与冯定、刘佛年、郑易里、姜椿芳、胡曲园等20余人发起组织中国新哲学研究会上海分会，与顾颉刚、李平心、周谷城、周予同、吴泽等14人发起组织中国新史学研究会上海分会，后来成立上海市哲学社会科学联合会．均任理事。打倒“四人帮”后，任上海市史学会副会长，全国宗教学会常务理事，中国史学会理事，孙中山研究学会理事，中国现代史学会、中国哲学史学会等顾问。
《中国思想研究法》
《中国历史新研究法》
《中国传统思想总批判（正补编）》
《中国文化史要论》
《中国文化的优良传统》
《孔子思想体系》
《蔡元培》
《王船山思想体系》
《中国近现代学术思想史论》
《中国古代学术思想史论》
《中国礼教思想史》
《周易思想要论》
《蔡尚思自传》
《论语导读》
《墨子思想要论》
《蔡尚思选集》
《蔡尚思全集》（共8册）
“五四”前后东西文化问题的大争论（《学术月刊》1961年第5期）
梁启超在政治上学术上和思想上的不同地位——再论梁启超后期的思想体系问题（《学术月刊》1961年第6期）
四论梁启超后期的思想体系问题——读陈旭麓同志的“辛亥革命后的梁启超思想”（《学术月刊》1961年第12期）
论章炳麟的思想面貌及其变化原因——章炳麟思想研究之二（《学术月刊》1962年第6期）
谈谈过去、现在和今后对于孔学问题的争论（《学术月刊》1962年第7期）
康有为黄金时代的思想体系和评价（《学术月刊》1963年第9期）
论孔子中庸及其变革思想的实质（《学术月刊》1963年第11期）
论宋恕的思想（蔡尚思、金冲及合撰，《复旦大学学报·社会科学版》1964年第1期）
辞书建设是当务之急（《辞书研究》1979年第1期）
关于秦始皇“焚书坑儒”问题（《复旦学报(社会科学版)》1979年第2期）
对几种有关孔子思想评价的看法（《历史教学》1979年第2期）
论佛教的三纲思想（《社会科学战线》1979年第3期）
我苦学的一些经历（1979年10月）
陈垣同志的学术贡献（《北京师范大学学报(社会科学版)》1980年第6期）
论清末佛学思想的特点（《学术月刊》1981年第3期）
顾颉刚创建的新疑古派——《古史辨》派作用的具体分析（《社会科学战线》1981年第4期）
顾颉刚先生治学的几个特点（《文史哲》1981年第6期）
论公孙龙的违反辩证法——与冯友兰先生论“白马非马”（《哲学研究》1981年第7期）
辛亥革命时期的新思想运动——资产阶级各派主要的反孔反封建思想（《纪念辛亥革命七十周年学术讨论会论文集》，1981年》
我和词典（《辞书研究》1982年第1期）
孔子思想问题的百家争鸣（《哲学研究》1983年第2期）
哪些书最能代表中国文化？（《编辑之友》1983年第2期）
我的一种治学方法——以《王船山思想体系》为例（《文史哲》1983年第6期）
关于文化史研究的几个问题（《文史哲》1984年第1期）
研究船山思想应当实事求是（《船山学刊》1984年第1期）
上海大教联与信史实录（《复旦学报(社会科学版)》1984年第2期）
傅山在中国学术思想史上的重要地位（《晋阳学刊》1984年第5期）
回顾总结探索——我对发展中国高等教育的一些看法（《教育发展研究》1985年第2期）
嵇文甫同志的治学和为人（《文史哲》1985年第6期）
我党系统传播列宁建党学说的第一人——论蔡和森建党理论对毛泽东建党思想的贡献（《湘潮》1985年第6期）
孙中山与亚洲民族解放运动研究述评（《孙中山研究述评国际学术讨论会论文集》，1985年）
孔子思想体系属于哪种类型？（《孔子研究》1986年第1期）
中国现代文化与向西方求真理——谈谈中国文化应走的道路（《复旦学报(社会科学版)》1986年第2期）
对孔学的争鸣是发展中国文化的关键——孔学研究的历史回顾（《哲学研究》1986年第3期）
孔子一生都尚礼（《哲学研究》1986年第6期）
朱熹的书院教育与礼教思想（《复旦学报(社会科学版)》1986年第4期；《江西教育学院学报》1986年第2期）
黄宗羲学术思想的独特地位——纪念他逝世二百九十周年（《宁波大学学报·教育科学版》1986年第S1期）
王国维在学术上的独特地位（《探索与争鸣》1986年第6期）
孙中山的中心思想和历史地位（《近代史研究》1987年第1期）
黄宗羲反君权思想的历史地位（《文史哲》1987年第2期）
朱熹思想的来源、核心和评价（《哲学研究》1988年第4期）
一位被冷落的大思想家——袁枚（《文史哲》1988年第5期）
司马迁是寓思想于历史的模范——表面尊孔实则反儒（《学术月刊》1988年第9期）
朱子学研究的新方向（《朱熹与中国文化——武夷山朱熹研究中心成立大会论文集》，1988年）
我对杜国庠同志的回忆与评价——纪念杜老诞辰一百周年（《广东社会科学》1989年第2期；《汕头大学学报·人文社会科学版》1989年第3期）
胡适在新文化运动中的历史作用（《青海社会科学》1989年第3期）
孔子的礼学体系——纪念孔子诞辰二千五百四十周年（《孔子研究》1989年第3期）
朱子在中国文化思想史上的地位——在开幕式上的讲话（《朱子学新论——纪念朱熹诞辰860周年国际学术会议论文集》，1990年）
孔子论“仁”的重点和范围——析孔子宗法名分性的仁学（《孔子研究》1991年第1期）
墨子的历史地位与当代价值（《文史哲》1991年第5期）
中国思想文化形成儒墨两大系统（《中国哲学史》1992年第1期）
天人合一论即各家的托天立论——读钱穆先生最后一篇文章有感（《中国文化》1993年第1期）
中华文化的过去与今后（《哲学研究》1993年第12期）
我要为中国大思想家李贽呼冤──李贽的批孔堪称天下第一（《首都师范大学学报·社科版》1994年第5期）
中国的现代化与全球化──读三篇有关文化的大文章有同感（《江海学刊》1995年第3期）
我的四点看法──关于“天人合一”及其他（《瞭望》1995年第9期）
我的中国传统思想文化观（《河北学刊》1995年第4期）
今后新文化应当是“辩证发展”（《文史哲》1996年第1期）
儒学非宗教而起了宗教的作用（《文史哲》1998年第3期）
辩证发展的新世纪学术（《学术月刊》2000年第1期）
我的学术之路（《学术界》2000年第6期）
杨时在中国文化史上的地位（《纪念杨时诞辰950周年专集》，2003年）
儒教是宗教（《文汇报》2001年7月28日）
中国礼教思想之我见（《学术界》2008年第4期）
1950年以后参加全国性重要学术活动有，全国历史科学规划会议，山东孔子学术讨论会，中国科学院哲学社会科学部扩大会议等。“文化大革命”后，先后参加全国历史学规划预备会，山东大学文科理论讨论会，全国宗教学研究规划会议，中国历史学研究规划会议，重建中国史学会代表会议，明清史国际学术讨论会，佛教讨论会，中国史学会理事会等。期间，先后于上海、北京、武汉、济南、曲阜、南京、西安、四川等地讲学。
蔡尚思积极参加爱国政治活动。从1926年“三一八惨案”起，他开始痛恨北洋军阀等卖国政府，1931年开始学习马克思主义著作，1932年加入宋庆龄、蔡元培、鲁迅等领导的中国民权同盟。抗日战争时期，秘密从事反抗日本帝国主义侵略与汉奸卖国贼的卖国活动，反抗国民党政府的消极抗日、积极反共。解放战争时期，在共产党的领导下与其同仁共同主持上海大教联，发表宣言支持反内战、反迫害、反饥饿、反法西斯专政、反签订卖国条约、反美和罢工、罢课、罢教等活动；在各大小报刊发表政论与有现实意义的学术论文100多篇；在大学讲坛上宣传人民民主与社会主义，揭露与批判国民党反动派的反动统治。
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